INTRODUCTION
Avec plus de 5 millions de décès par an, les maladies infectieuses restent l'une des principales causes de mortalité
dans le monde. Les défis des maladies infectieuses sont multiples : certains pathogènes sont une cause majeure
de mortalité, notamment dans les pays du Sud ; d'autres peuvent provoquer des pandémies, y compris dans les
pays économiquement développés, auxquelles il est important de se préparer ; les capacités de diagnostic et
de soins, ainsi que les politiques de santé publique sont très hétérogènes.
Financé par le Programme Investissement d'Avenir 2011, l'IHU Mediterranee Infection, entièrement dédié à la
prise en charge et à l'étude des maladies infectieuses, a pour objectif de fournir un service permanent à la
communauté de la région marseillaise et d'interagir avec les acteurs locaux et nationaux, ainsi qu'avec les pays
du Nord et du Sud. Les partenariats avec les pays du Sud s'appuient sur un réseau bien établi de plusieurs
laboratoires satellites et d'équipes collaboratrices.
L'IHU MI est entré dans sa deuxième phase en décembre 2016 avec l'admission de ses premiers patients dans un
nouveau bâtiment entièrement conçu pour à la fois optimiser les soins de santé en infectiologie, prévenir les
contagions, faciliter les interactions entre les soins et la recherche, et promouvoir l'éducation et l'innovation.
Nous avons examiné les forces et les faiblesses de l'IHU MI depuis sa création en 2011.
DOMAINE 1 : GESTION STRATÉGIQUE ET OPÉRATIONNELLE DE L'INSTITUT HOSPITALO-
UNIVERSITAIRE (IHU) PAR RAPPORT À SON POSITIONNEMENT
Référence 1. La stratégie de l'IHU est clairement axée sur le thème médical et scientifique
défini lors de sa création, avec une forte dimension partenariale et un suivi opérationnel
efficace de ses objectifs.
De la célèbre école de médecine Massilia dans le bassin méditerranéen au 1er siècle de notre ère à l'hôpital
Houphouët Boigny, en passant par l'hôpital des galères, l'hôpital Caroline et l'Institut de Médecine Tropicale du
Service de Santé des Armées au Pharo, Marseille, porte de l'Orient, a une très ancienne histoire de médecine
infectieuse et tropicale. En 2011, l'ensemble des activités cliniques et de recherche en microbiologie et maladies
infectieuses du CHU de Marseille, ainsi que celles de l'IMTSSA en 2013, ont été regroupées au sein de l'IHU
Méditerranée Infection (IHU MI), prolongeant ainsi l'histoire de Marseille dans la prise en charge des maladies
infectieuses.
1. Un projet initial précis
Le projet initial déposé fin 2010 visait à promouvoir l'excellence en infectiologie à Marseille selon six axes de
recherche prioritaires1 :
Surveillance de l'émergence des vecteurs et des maladies à transmission vectorielle
Séquençage génomique microbien (souches de nouvelles espèces, bactéries intracellulaires, bactéries
multirésistantes, génotypage de mycobactéries, génomique virale et métagénomique, etc.)
Pathogènes émergents, en particulier dans les microbiomes
Mise en œuvre des techniques de soins au point d'intervention
Physiopathologie des maladies infectieuses
Constitution de collections virales et bactériennes
Ce projet scientifique structuré s'est appuyé sur une expertise préalable en microbiologie, notamment sur les
rickettsioses et les virus émergents, mais aussi sur la mycologie et la parasitologie dans un contexte d'explosion
des " omiques " en microbiologie et d'ouverture aux pays du Sud. Ces axes de recherche ont été globalement
1 IHU POLMIT 2010
1
évalués très positivement par les jurys internationaux lors des évaluations à mi-parcours et en 20192 , ainsi que par
le Conseil scientifique de l'institut au fil des années.
Ces thèmes de recherche sont étroitement liés à la pratique clinique, avec des échanges permanents entre la
recherche et les pratiques de soins qui s'enrichissent mutuellement. Ainsi, le projet IHU MI s'est fortement structuré
autour du périmètre du service d'infectiologie de l'hôpital universitaire (AP-HM), dont l'objectif, à travers le projet
IHU, était de consolider l'ensemble des activités historiques de diagnostic microbiologique réparties sur quatre
sites à Marseille et les services d'infectiologie répartis sur trois sites, afin d'assurer un continuum entre le diagnostic
et le soin. L'unicité du service, qui comprend à la fois des activités de microbiologie et de soins des maladies
infectieuses, est également un élément distinctif du projet IHU MI.
En 2023, les états généraux de la recherche de l'IHU MI ont été lancés. Cette réflexion impliquant l'ensemble de
la communauté scientifique de l'institut a permis d'identifier six grands axes :
Microbiote : interactions hôte-pathogène, diversité génétique des membres du microbiote humain
Développement d'outils de diagnostic : culture, imagerie, détection moléculaire, etc.
Infections sexuellement transmissibles
L'émergence microbienne : One Health, zoonoses, entomologie, outils pour l'étude des micro-
organismes émergents
Infections dans le Sud, infections lors de grands rassemblements et de voyages
Thérapeutique : résistance aux antibiotiques, détection, origine et évolution des mécanismes de
résistance aux antibiotiques, développement de nouvelles thérapeutiques et de vaccins, analyse des
pratiques de soins.
Si la plupart des thématiques sont cohérentes avec le projet initial de 2010, d'autres sont nouvelles, comme l'axe
Infections Sexuellement Transmissibles. Malgré la gestion au sein de l'IHU de la plus grande cohorte VIH de
Marseille, la production scientifique dans ce domaine reste à développer.
2. Un projet structuré autour d'un bâtiment intelligent
Ce projet de recherche scientifique couplé à la consolidation des activités cliniques a conduit à un projet
immobilier ambitieux de plus de 27 000 m² (48 millions d'euros du financement initial de l'ANR ont été alloués à la
construction du bâtiment). Le bâtiment lui-même était un axe de recherche puisqu'il s'agissait de construire un
bâtiment intelligent et innovant permettant la mise en œuvre d'une stratégie de recherche sur la prévention des
contagions. Pour l'aspect soins, le bâtiment comprend 75 lits d'hôpital, dont 25 peuvent être convertis au niveau
de biosécurité 3, 21 lits d'hôpital de jour, une clinique ambulatoire, un centre de vaccination et une clinique de
médecine des voyages. Côté laboratoire, outre l'ensemble des activités de diagnostic microbiologique de
l'Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM) (3900 m²), le laboratoire des agents infectieux comprend
1500 m² d'installations de niveau de biosécurité 3 uniques en Europe par leur taille et leur équipement (cytométrie
de flux, microscopie électronique, séquençage génomique, etc...).
Le bâtiment est au cœur de la stratégie scientifique de l'IHU (prévention des contagions) et a démontré sa
capacité à gérer des crises sanitaires, comme lors de la pandémie COVID-19 (séparation des flux, adaptation et
réorganisation extrêmement rapide du laboratoire de diagnostic, mise en place d'un réseau d'oxygène à haut
débit pour l'accueil de 25 appareils Optiflow, mise en place d'une plateforme de séquençage du génome très
performante). Économiquement viable pour ses occupants (AP-HM, Aix-Marseille Université [AMU], INSERM, IRD,
etc.), il a été conçu par des médecins/chercheurs pour optimiser leur travail au quotidien (double circulation
dans les services d'hospitalisation, mise en place de plateformes technologiques mutualisées, proximité des
activités de soins et de recherche, etc.) Tous ces éléments font du bâtiment de l'IHU un excellent outil de travail
pour ceux qui y travaillent au quotidien et contribuent fortement à l'attractivité de l'institut.
En termes de transition énergétique, le bâtiment répond à l'un des principaux défis actuels de notre société et
est adapté à la mise en œuvre rapide d'actions d'économie d'énergie, telles que l'application de seuils
thermiques des organismes pour la climatisation en été (si la température interne dépasse 26°C) et le chauffage
en hiver (fixé à 19°C), sauf pour les locaux nécessitant une plage de température très stable tels que certains
laboratoires. D'autres mesures comprennent l'installation d'un éclairage à détecteur de mouvement dans les
parties communes, l'extinction automatique de tous les éclairages communs la nuit, l'extinction de l'éclairage et
2 Rapport de visite IHU MED INF 2017, Rapport de visite Aperçu 2017 et Évaluation IHU 2019
2
du chauffage dans la zone d'enseignement le week-end, et une campagne de remplacement de toutes les
lampes non LED encore présentes dans le bâtiment. Ces actions ont permis, en 2023, dans un contexte d'inflation
importante des prix de l'énergie, de réduire la consommation d'électricité de 4 % et le chauffage de 20 % pour
l'ensemble du bâtiment. Enfin, pour encourager la pratique du vélo, plusieurs places sont dédiées au
stationnement des deux roues. L'accès au parking de l'IHU pour les agents travaillant à l'IHU est privilégié en cas
de covoiturage.
Le bâtiment est un exemple concret de l'effet transformateur que la création de l'IHU a permis, puisque tous les
établissements ou organismes fondateurs ont confié à la Fondation la maîtrise d'ouvrage, la maintenance et
l'entretien des locaux occupés par leur personnel, et que le bâtiment a été conçu par l'ensemble des scientifiques
impliqués dans le projet.
3. Un projet structuré autour d'activités cliniques et diagnostiques
Comme indiqué précédemment, le projet scientifique de l'IHU MI a été fortement structuré autour du périmètre
des activités du département des maladies infectieuses.
Le projet IHU MI a été un puissant moteur de consolidation de l'ensemble des laboratoires de microbiologie de
l'AP-HM, traitant près de 190 millions de B (laboratory test unit) par an avec un pic de 260 millions lors de la crise
du COVID-19. Cela a également permis de créer des filières de soins, notamment des lits d'aval pour les patients
admis aux urgences et l'ouverture d'un centre de vaccination internationale et de conseils aux voyageurs. Ces
consolidations et la création de nouveaux parcours de soins symbolisent l'effet transformateur de l'IHU MI. Il s'agit
de thèmes récurrents auxquels la direction générale des hôpitaux universitaires est confrontée et qu'il n'est pas
facile d'aborder dans des circonstances normales. Le projet d'envergure IHU MI a permis de lever de nombreux
obstacles au changement.
Le projet IHU MI a eu un impact direct sur la pratique clinique depuis 2011, comme le montrent quelques exemples
symboliques3 :
Développement de la transplantation de microbiote fécal
Mise en place de kits de diagnostic syndromique
Introduction de la spectrométrie de masse en microbiologie de routine
Développement des applications de la microscopie électronique dans les diagnostics de routine
Prévention de la contagion par l'analyse automatisée des gestes liés aux soins
Utilisation du séquençage génomique et métagénomique en microbiologie clinique de routine
Mise en place d'un système de surveillance épidémiologique4 qui positionne l'IHU MI, conformément au
projet initial, comme une sentinelle de l'émergence de nouvelles maladies infectieuses.
Prise en charge de l'endocardite
En 2023, le laboratoire des agents infectieux a fusionné avec le biogénopôle au sein du laboratoire unique de
biologie médicale de l'AP-HM du point de vue de la procédure d'autorisation. Il reste néanmoins rattaché au
service des maladies infectieuses d'un point de vue opérationnel.
4. Un projet structuré autour de plateformes technologiques
Le projet IHU MI s'est également concentré sur la mise en place de plateformes de recherche partagées afin de
mettre en commun des technologies de pointe entre les équipes de recherche dans divers domaines, tels que
le séquençage génomique, la protéomique, la microscopie électronique, le laboratoire BSL3, la culturomique, la
plateforme de séroneutralisation, la biobanque, le centre de recherche vétérinaire et l'insectarium. Ces
plateformes sont au cœur du projet scientifique de l'institut, servant de ressource pour les équipes internes de
l'IHU et d'opportunité de collaboration avec des partenaires académiques et industriels interdisciplinaires.
Depuis 2011, la mise en place de ces plateformes a conduit l'IHU MI à rechercher des financements européens
et locaux, notamment au titre du
Fonds Européen de Développement Régional (FEDER) ou du
Contrat Plan Etat-
Région, complétés par des cofinancements des collectivités locales à hauteur de 32 millions d'euros depuis 2011.
Ces plateformes technologiques, atout majeur de l'IHU MI et principale destination des investissements de l'institut,
ont été sous-utilisées en termes d'attraction de nouvelles équipes scientifiques ou comme source de partenariats
3 Publications de l'IHU MI sur l'amélioration des soins aux patients
4
https://www.mediterranee-infection.com/veille-epidemiologique/lactivite-de-surveillance-
epidemiologique-de-lihu/
3
avec l'industrie. Des chartes d'accès ont été établies, et le recrutement d'un ingénieur qualité est en cours pour
aboutir, sur plusieurs années, à une certification ISO 9001. Ce positionnement fort de l'IHU autour de ses
plateformes technologiques mutualisées a été validé à l'unanimité par le conseil d'administration de l'IGF dans le
cadre du projet d'élaboration du nouveau modèle économique de l'institut.
5. Formation initiale et renforcement des partenariats avec les pays francophones du Sud : Missions
principales de l'IHU MI
Tout au long de son existence, l'IHU MI a réussi à créer des liens et des programmes de formation initiale et
d'éducation avec les pays du Sud, en particulier les pays francophones, en raison de ses thèmes de recherche,
afin de former de futurs chercheurs.
L'IHU MI a repris les missions du
Réseau Thématique de Recherche et de Soins (RTRS) " Infectiopole Sud ", dont la
mission était d'établir une stratégie scientifique partagée dans le domaine des maladies infectieuses entre
plusieurs unités de recherche et services d'infectiologie du bassin méditerranéen français (Montpellier, Nîmes,
Marseille et Nice). Cette interactivité scientifique et son rayonnement international se sont caractérisés par la
mise en place de bourses d'accueil d'étudiants des pays du Sud sur différents sites, financées par le RTRS puis par
l'IHU MI depuis 2011. A ce jour, 669 doctorants ou post-doctorants ont été formés à l'IHU ou dans l'un des
laboratoires du réseau, dont 413 financés par la Fondation.
En outre, l'IHU MI accueille l'un des plus grands programmes de master de l'université d'Aix-Marseille, le "Master
en maladies infectieuses et microbiote", la plupart des étudiants effectuant leurs stages dans les laboratoires de
l'IHU. Depuis 2011, 616 étudiants de master ont été formés.
Depuis 2011, de nombreux partenariats scientifiques internationaux ont été signés ou sont en cours de
développement avec des instituts travaillant sur des thèmes de recherche similaires, principalement mais pas
exclusivement dans les pays francophones5 .
Ces collaborations bilatérales entre instituts sont complétées par la structuration de réseaux internationaux tels
que REMEDIER6 , centré sur l'étude des infections transmises par les arthropodes, et le projet GIRAFE7 en Afrique
de l'Ouest, visant à transférer des technologies de diagnostic pour les maladies infectieuses. La politique de l'IHU
MI avec les instituts des pays du Sud a toujours été équilibrée, avec des échanges dans les deux sens et l'objectif
d'un transfert réciproque de compétences et de technologies.
Grâce à ses collaborations internationales, au réseau historique "Infectiopole SUD" et au master "Maladies
infectieuses et microbiote", la création de l'IHU MI a eu un effet transformateur sur la formation initiale des
scientifiques et des jeunes chercheurs dans le domaine des maladies infectieuses.
Le suivi de ces étudiants a été partiellement réalisé8 mais doit être mieux structuré, notamment autour d'une
association d'anciens étudiants de l'IHU MI, car elle représente un véritable atout pour le renforcement de l'Institut
à l'échelle internationale. Par exemple, la convention avec l'Institut Pasteur Hellénique est le résultat de
discussions initiées par un ancien chercheur de l'IHU.
L'IHU MI devrait également s'appuyer davantage sur ses fondateurs, comme l'IRD, ou ses partenaires, comme
l'Université de la Côte d'Azur, qui ont des partenariats mieux structurés que l'institut avec l'Afrique non
francophone, l'Amérique latine ou l'Asie du Sud-Est.
6. L'IHU MI adopte une stratégie d'ouverture scientifique et de création de partenariats
Depuis 2022, l'IHU MI s'est engagé dans un important travail de repositionnement de l'Institut. Le regroupement
d'équipes scientifiques de haut niveau dans un bâtiment conçu et équipé sur mesure ne doit pas justifier un
environnement scientifique fermé, parfois même recherché par le passé. Au contraire, l'IHU doit être ouvert et au
centre de nombreux partenariats.
Ce repositionnement peut se résumer par la mise en œuvre d'une politique forte d'ouverture scientifique de
l'institut, impulsée par la nouvelle direction. Au niveau local, cela passe par le rétablissement des liens avec les
5 Partenariats avec des institutsétrangers
6 Présentation REMEDIER
7 Présentation GIRAFE
8 Enquête Almuni 2022
4
laboratoires de la Région SUD PACA (AFMB, CIML, IPC, ANSES Sophia-Antipolis, Université de Corse, etc.) Le
rapprochement avec le Biogénopôle de la Timone est également un élément structurant pour les futures
collaborations scientifiques locales (fusion des biobanques9 , mise en place d'un seul Laboratoire de Biologie
Médicale). Enfin, l'IHU est pleinement associé au Marseille Immuno Biocluster dirigé par les Professeurs Daniel Olive
et Hervé Brailly, en ligne avec l'objectif de développer l'axe immuno-infectieux à l'IHU. Au niveau national, la
priorité est de travailler au retour de l'INSERM au sein de l'IHU en tant que fondateur ou partenaire, et
potentiellement, à terme, en tant qu'organisme de tutelle de toutes les unités de recherche situées à l'IHU qui ne
sont pas labellisées INSERM. Des discussions récentes avec le Président de l'INSERM, le Professeur Didier Samuel,
vont dans ce sens. L'ANRS-MIE joue également un rôle central dans le paysage français de la recherche en
infectiologie, et de premiers échanges ont eu lieu entre le Professeur Fournier et le Professeur Yazdan
Yazdanpanah. L'objectif de cette ouverture scientifique est de permettre à la Fondation, au Service
d'Infectiologie et/ou aux Unités Mixtes de Recherche (UMR) de répondre et de remporter des appels à projets
plus compétitifs. Par ailleurs, cette volonté d'ouverture se traduit par un projet d'accueil de nouvelles équipes de
recherche, notamment dans le domaine immuno-infectieux, renforçant l'interdisciplinarité au sein de l'IHU, et
éventuellement sous la tutelle partagée de l'INSERM et d'AMU.
Pour mener à bien sa politique d'ouverture scientifique et établir des partenariats industriels, l'IHU doit s'appuyer
sur des soutiens solides, tels que :
La diaspora des étudiants qui ont étudié à l'HU et qui travaillent actuellement en dehors de l'Institut
Le triptyque : cohortes cliniques, plateformes technologiques de haut niveau et leadership scientifique,
pour attirer de nombreux partenariats et financements d'industriels souhaitant tester de nouveaux outils
de diagnostic, par exemple. L'obtention d'un financement de 7,5 millions d'euros du Fonds européen de
développement régional (FEDER) - Contrat Plan État-Région en janvier 2024 pour équiper les plateformes
constitue à cet égard un succès majeur pour l'institut.
Partenariats historiques solides (
)
L'ouverture scientifique sera d'autant plus facilitée que les relations institutionnelles de l'IHU avec les autres acteurs
de la recherche française seront harmonieuses. Le renouvellement des conventions pluriannuelles depuis 2022
avec les organismes fondateurs a permis de mieux définir les rôles de chacun et joue un rôle crucial dans
l'apaisement des relations. Les collectivités locales continuent de soutenir fortement l'IHU MI. Par ailleurs, l'IHU a
renforcé ses liens institutionnels avec les universités et les CHU du réseau Infectiopole Sud. Enfin, l'IHU MI est
pleinement impliqué dans le réseau IHU France.
Référence 2. La gouvernance de l'IHU est simple, réactive, ouverte et adaptée aux enjeux
de politique publique liés à la création de l'établissement.
Après plus de 12 ans d'existence et une crise de gouvernance majeure en 2021 qui a conduit à un changement
de directeur en septembre 2022, l'IHU MI a pris conscience des avantages et des limites de son modèle de
gouvernance. Cette question a été au cœur de réformes importantes au cours des deux dernières années.
La gouvernance de l'IHU est structurée en trois organes conformément aux statuts types10 : un conseil
d'administration, un conseil scientifique et un directeur. Le conseil d'administration est composé d'un collège de
fondateurs, d'un collège de personnalités qualifiées, de représentants des enseignants-chercheurs, ainsi que de
membres à voix consultative tels que le commissaire du gouvernement, les partenaires et les collectivités
territoriales. Le conseil scientifique est composé de personnalités scientifiques françaises et étrangères extérieures
à l'IHU. Enfin, le directeur de l'IHU est nommé par le président du conseil d'administration de l'IHU sur proposition
du conseil d'administration.
1. Nécessité d'une structure de gouvernance tripartite équilibrée : Conseil d'administration - Conseil
scientifique - Directeur
Le conseil d'administration s'est réuni au moins deux fois par an depuis 2011 et a rempli ses fonctions, telles que le
vote du budget et l'approbation de la stratégie. Cependant, la personnalité du directeur fondateur de l'IHU, le
9 Accord-cadre Accès et stockage des échantillons biologiques
10 Statuts de l'IGF 2023
5
professeur Didier Raoult, a dominé les autres organes de gouvernance pendant de nombreuses années. Plusieurs
dysfonctionnements ont affaibli l'autorité et le contrôle du conseil sur le directeur :
L'ancien directeur a été membre du conseil d'administration avec voix délibérative en tant que
représentant des enseignants-chercheurs puis en tant que personnalité qualifiée.
L'ancien directeur a été directement impliqué dans la proposition des personnalités qualifiées
composant le conseil d'administration.
Les présidents et directeurs des fondateurs étaient souvent absents, représentés par des vice-présidents,
des directeurs adjoints ou déléguant leur autorité.
Malgré quelques votes contre ou abstentions, les propositions portées par le directeur ont toujours été adoptées
par le conseil d'administration.
Le conseil scientifique a fonctionné sans interruption tout au long de l'existence de l'IHU, avec pour membres des
personnalités scientifiques de premier plan. Une part importante des réunions du conseil scientifique était
consacrée à des présentations de personnalités extérieures ou à des présentations des membres du conseil
scientifique aux équipes de l'IHU dans un esprit d'ouverture et de confrontation scientifique. Cela laissait moins
de temps au conseil scientifique pour évaluer le travail des équipes de l'IHU, et l'ordre du jour du conseil
scientifique était organisé par le directeur chaque année. En tant qu'organe consultatif, les recommandations
du conseil scientifique n'ont pas toujours été suivies.
Depuis 2021, un profond renouvellement des instances de gouvernance a eu lieu, à commencer par le
lancement d'une procédure de succession de l'ancien directeur à la fin de l'année 2021. Cette procédure de
succession a été confiée à une commission ad hoc présidée par M. Schweitzer et composée de membres du
conseil scientifique de l'IHU ainsi que de scientifiques extérieurs. Un appel international à candidatures a été
lancé11 , des auditions ont été organisées et la commission a choisi le professeur Pierre-Edouard Fournier. Ce choix
a été entériné par le conseil d'administration de l'IHU MI en juillet 2022 et a pris effet le 1er septembre 2022.
Le conseil d'administration a également connu des changements importants, avec une nouvelle présidente,
Mme Prada Bordenave, membre du Conseil d'État, nommée le 30 septembre 2022, succédant à la première
présidente de l'IHU, Mme Yolande Obadia. M. Louis Schweitzer a rejoint le conseil d'administration de l'IHU MI en
mai 2022 et a été nommé vice-président. Une nouvelle trésorière, Mme Émilie Royere, a été nommée en avril
2023, ainsi qu'une nouvelle représentante des enseignants-chercheurs, le Pr Laurence Camoin. Depuis 2021, les
organisations fondatrices ont pleinement pris leurs responsabilités, notamment lors du conseil d'administration et
en amont par les réunions des fondateurs. Elles ont proposé de nouvelles personnalités qualifiées et provoqué
une réunion en septembre 2021 pour préparer le lancement de la procédure de recherche d'un nouveau
directeur. Depuis septembre 2022, les Fondateurs soutiennent pleinement le nouveau directeur dans sa mission.
La nouvelle direction de l'IHU a mis en œuvre l'ensemble des recommandations des inspections de l'ANSM, de
l'IGAS et de l'IGESR12 , notamment celles relatives à la refonte de la gouvernance de l'IHU MI (renouvellement de
l'équipe de direction médicale, révision des statuts en lien avec le commissaire du gouvernement et validés par
le MESR pour les aligner sur les statuts types, réécriture des conventions pluriannuelles des fondateurs...). Ce suivi
a fait l'objet de plusieurs réunions avec le Ministère de la Santé et le Ministère de l'Education Supérieur et de la
Recherche, en pleine concertation avec les Fondateurs, notamment AMU et AP-HM.
Concernant le conseil scientifique, il a été renouvelé de moitié avec les arrivées de Mme Trine Mogensen
(Université d'Aarhus, Danemark) et de MM. Jacques Fellay (Université de Lausanne, Suisse), Xavier Nassif (Institut
Necker), Nicolas Manel (Institut Curie), et Eric Vivier (Pôle de cancérologie Paris Saclay). La dernière réunion
scientifique d'octobre 2023 a été l'occasion pour le conseil scientifique d'exprimer clairement ses attentes tout
en apportant un soutien fort aux nouvelles thématiques scientifiques de l'IHU, qui donnent une cohérence
scientifique au projet tout en s'appuyant sur les forces de chaque UMR hébergée au sein de l'IHU et en favorisant
une plus grande utilisation des plateformes technologiques de l'institut. Il retrouve ainsi pleinement un rôle
classique de Conseil Scientifique et sera une force pour renforcer les liens entre l'IHU MI et certains partenaires
scientifiques naturels de l'IHU.
Un réseau d'anciens étudiants de l'IHU est en cours de création (Association Cosmopolite des Etudiants
Méditerranée Infection). L'objectif à court terme est également d'inviter des représentants de la vie étudiante au
comité de gestion hebdomadaire de l'IHU MI et au conseil d'administration.
11 Appel à candidatures pour le poste de directeur général de l'IHU MI
12 Suivi des recommandations de l'IGAS-IGESR Mise à jour décembre 2023
6
Tous ces changements ont conduit à la mise en place d'un modèle de gouvernance collaborative
2. Gestion opérationnelle agile
L'exemple le plus emblématique de la gestion opérationnelle agile de l'IHU MI est la crise du COVID-19. La
réactivité a été maximale, notamment lorsqu'il a fallu trouver des quantités importantes de réactifs et
d'instruments supplémentaires pour réaliser jusqu'à 4 000 tests PCR par jour, adapter très rapidement le bâtiment
à l'afflux massif de patients, définir des circuits de patients pour gérer jusqu'à 200 parcours ambulatoires par jour,
mettre en place le suivi des patients à J+1, J+3 et J+7 en plus des 75 hospitalisations complètes et séquencer
jusqu'à 1 500 génomes de SRAS-CoV-2 par semaine dans le cadre du consortium EMERGEN.
La mobilisation de la direction générale de l'AP-HM a été sans faille durant cette période, notamment par la mise
à disposition de personnel supplémentaire. Des collaborations avec d'autres services de l'AP-HM se sont
spontanément mises en place, mais il est important de noter que la Fondation Méditerranée Infection s'est
également pleinement mobilisée, engageant 2 millions d'euros de dépenses supplémentaires, embauchant
plusieurs techniciens ou ingénieurs de renfort, mobilisant et coordonnant une équipe de plusieurs dizaines de
bénévoles qui ont principalement assuré le suivi des patients ambulatoires, ou encore mettant à disposition des
équipements dont des séquenceurs à haut débit dans le cadre du projet EMERGEN. Les étudiants ont également
été pleinement impliqués dans ce défi, et la plupart des bourses de doctorat ont été prolongées d'un an. Cet
exemple illustre comment les fondations de coopération scientifique peuvent, grâce à une certaine autonomie,
prolonger l'action des structures hospitalo-universitaires. Avec moins d'intensité, cette agilité opérationnelle s'est
à nouveau exercée à l'été 2022 lors de l'épidémie de MonkeyPox, où le service des maladies infectieuses s'est
rapidement organisé pour ouvrir un centre de soins et de vaccination en juillet 2022.
En dehors des périodes de crise sanitaire, l'IHU MI fonctionne également de manière agile et transparente. La vie
de l'IHU s'organise autour de réunions de gouvernance opérationnelle hebdomadaires ou mensuelles13 ,
comprenant le comité de direction, les réunions Work In Progress, les réunions génomiques pour définir les priorités
de la plateforme, les réunions d'ingénierie pour suivre les projets et prospecter de nouvelles approches, les
réunions de valorisation pour proposer une nouvelle innovation ou un nouveau brevet, les suivis des appels à
projets, les réunions de recherche clinique, les conseils de laboratoire, et les assemblées générales du
département. Depuis l'entrée en fonction du nouveau directeur, un changement important est intervenu : les
services concernés des fondateurs et des partenaires sont beaucoup plus impliqués. Ces services s'étaient
probablement lassés de l'approche trop directive de l'ancien directeur qui entraînait une usure administrative au
sein de l'IHU, ce qui avait conduit l'ancien directeur à utiliser la Fondation comme substitut à l'AP-HM ou aux
directions de l'université. L'exemple de la promotion des essais cliniques par la Fondation, en partie motivée par
un manque de réactivité de la direction de la recherche scientifique de l'AP-HM pendant une courte période,
en contournant le contrôle de cette dernière, illustre ce point. Depuis septembre 2022, les directions de
valorisation d'AMU et de l'AP-HM participent pleinement aux réunions. Par ailleurs, la SATT-SE et la direction de la
recherche de l'AP-HM ont mis à disposition de l'IHU, pour des réunions régulières, un chargé de mission.
Bien que le comité de gestion ait toujours communiqué les décisions prises à l'ensemble des fondateurs, sa
composition a été entièrement renouvelée par le nouveau directeur lors de son entrée en fonction.
La gestion de l'IHU Méditerranée Infection s'appuie également sur la production d'un ensemble de documents
traditionnels qui regroupent des documents types dans plusieurs domaines. Tout d'abord scientifiques (rapport
annuel d'activité, présentation du directeur au conseil d'administration, comptes rendus des conseils
scientifiques, tableau de suivi SAMPRA, évaluation annuelle de l'ANR, etc.), mais aussi financiers (états financiers,
tableaux de bord, etc.) ou sociaux (baromètre social, DUERP, etc.). Ces documents sont généralement tous
partagés au niveau du Conseil d'administration et/ou du Comité de gestion. Cependant, il n'existe pas de
référentiel documentaire numérique unique qui pourrait simplifier la gestion des documents.
3. Les relations avec les fondateurs, notamment avec Aix-Marseille Université et l'AP-HM, sont d'autant plus
fructueuses qu'elles reposent sur un partage et un respect clairs des responsabilités.
La gouvernance stratégique de l'IHU et sa gestion opérationnelle expriment tout leur potentiel en termes d'agilité
et de transparence lorsque les rôles de chacun sont clairement définis et que leurs contributions et compétences
sont parfaitement reconnues. Cela permet de travailler en confiance, ce qui peut se traduire par des résultats
très significatifs pour l'institut.
13 Moments clés de la gouvernance mensuelle et hebdomadaire IHU
7
C'est pourquoi la direction de l'IHU a invité tous les Fondateurs à réécrire les conventions pluriannuelles, et à
redéfinir un partenariat avec chacun, en clarifiant les rôles respectifs dans les domaines de collaboration14 . Les
nouveaux statuts de la Fondation ont également clarifié de nombreux points de gouvernance et s'alignent mieux
sur les statuts types des Fondations de Coopération Scientifique (FCS) publiés en 2018 par le
Ministère de
l'Enseignement Supérieur et de la Recherche.
En ce qui concerne le rôle et les responsabilités de la Fondation et des fondateurs, plusieurs actions structurantes
ont été mises en œuvre depuis 2022 :
La mise en place d'un accord-cadre AP-HM/FMI autour de la recherche clinique15 pour confirmer le rôle
de l'AP-HM dans la promotion de la recherche clinique tout en allouant des ressources humaines à l'IHU
et en reconnaissant le rôle de certains personnels de la Fondation, dans le respect de la stratégie
scientifique de l'IHU.
L'établissement d'un accord-cadre AP-HM/FMI permettant l'accès et la conservation des échantillons
biologiques, le rattachement de la biobanque de l'IHU au CRB AP-HM, la reconnaissance des moyens
humains et matériels mis à disposition par la Fondation et le respect de la stratégie scientifique de l'IHU.16
L'intégration de la SATT Sud-Est dans la valorisation des travaux des laboratoires de l'IHU devrait aboutir à
la signature d'un accord-cadre SATT-SE/FMI en 2024 pour collaborer efficacement et conjointement.
L'objectif est d'obtenir une synergie et de meilleurs résultats que si l'IGF ou la SATT-SE étaient seuls
responsables de la valorisation des travaux de l'IHU.
L'IHU MI Grant Officer, récemment arrivé, travaille en étroite collaboration avec la Mission Europe pour
la Recherche (structure commune AMU - IRD - CNRS - INSERM soutenant les réponses aux appels à projets
compétitifs) et avec les différentes directions de recherche des instituts fondateurs et partenaires.
La mise en place de plusieurs groupes de travail inter-employeurs depuis mars 2023 pour définir une
politique sociale cohérente à l'IHU. Cet exemple symbolise le rôle de l'IGF en tant que chef de projet,
coordonnant et animant les groupes de travail, bien qu'il soit un employeur minoritaire à l'IHU. Le rôle
transformateur et catalyseur du projet IHU MI est également évident à travers cet exemple.
En conclusion, au-delà de la gestion de crise, propice à la prise de décision agile, le modèle IHU peut impacter
positivement l'écosystème hospitalo-universitaire. Cela nécessite toutefois une gouvernance équilibrée entre
l'autonomie du directeur, le rôle de contrôle du conseil d'administration et du conseil scientifique, et une définition
précise des liens entre la Fondation et les différentes directions des instituts fondateurs de l'IHU, assurant la
transparence et la confiance nécessaires à une gestion opérationnelle agile ressentie par l'ensemble des équipes
de recherche et de soins. La position de la Fondation est d'être le catalyseur du projet IHU MI, en facilitant et en
augmentant le rendement des interactions entre la recherche et les soins, les principaux acteurs étant les
fondateurs de l'IHU.
Référence 3. L'IHU élabore un plan budgétaire qui lui permet de s'appuyer sur un modèle
économique solide, de suivre sa trajectoire financière et d'assurer la durabilité de son projet.
1. Un budget dédié à la Fondation Méditerranée Infection pour soutenir la recherche, la formation et le
fonctionnement du bâtiment de l'IHU
Comme nous l'avons déjà mentionné, le bâtiment de l'IHU MI est un élément central du projet. Une
grande partie de la subvention initiale de l'ANR (48 M€) a été allouée à la construction du bâtiment, le
coût restant étant principalement financé par les collectivités locales. La situation financière de la
construction et du fonctionnement du bâtiment de l'IHU MI, mise en évidence par les premières
inspections IGAS-IGESR en 2012 et 2014-2015, a évolué très positivement au fil des années grâce à la
maîtrise budgétaire de la construction, avec un coût final du bâtiment de 55,8 M€ HT, soutenu par des
financements locaux complémentaires à la dotation ANR, et grâce à un bail de droit commun entre
l'AP-HM et l'IGF et aux conventions d'hébergement des UMR.
14 Convention pluriannuelle AP-HM / FMI
15 Accord-cadre de recherche clinique FMI / AP-HM
16 Accord-cadre Accès et stockage des échantillons biologiques
8
La destination des ressources de l'IGF est divisée en quatre catégories :17 :
Gestion du bâtiment dans le but de maintenir l'équilibre budgétaire. Le bail entre l'IHU et l'AP-HM
précise que l'AP-HM contribue à financer 69 % de l'ensemble des coûts d'exploitation du
bâtiment. Les établissements ou organismes de tutelle contribuent à couvrir les coûts de leurs
unités de recherche. Les discussions avec l'AP-HM débuteront fin 2024 pour préparer l'inclusion
de la maintenance et du renouvellement majeurs dans la deuxième partie du bail, ce qui
constituera le prochain défi majeur autour du bâtiment de l'IHU MI. Au total, 46% du budget de
fonctionnement de la Fondation.
Soutenir la recherche en finançant les chercheurs, ingénieurs et techniciens des plateformes,
ainsi que la formation initiale (post-docs, doctorants, masters), l'achat de réactifs et
d'équipements pour la recherche. Au total, 38% du budget de la Fondation.
Les frais de fonctionnement propres à la Fondation (équipe administrative, services). 14% du
budget annuel.
Soutenir la valorisation (agent de transfert de technologie, maintenance des brevets). 2% du
budget de la Fondation.
€195 680,00
Research
€1 326 732,00
Building
€3 669 583,00
€4 345 401,00
Operating Costs IHU
Valorization
Figure 1 Destination des ressources de l'IGF en 2023
L'équilibre financier de l'IHU sur le plan immobilier permet à la subvention de France 2030 de financer la
recherche, la valorisation et le soutien administratif de la Fondation.
17 Résumé financier simplifié
9
Contribution to Building costs
€2 663 976,00
€4 023 730,00
Subvention France 2030
Own incomes IHU (dotations,
Partnerships, Grants, return on
€2 200 000,00
valorisation, donations, etc...)
Figure 2 Origine des ressources de l'IGF en 2023
En plus du budget de fonctionnement de l'IGF, l'effort financier en termes d'investissement est important. Outre
le financement du bâtiment, le projet IHU MI représente plus de 31,5 millions d'euros d'investissement dans des
équipements de pointe obtenus par l'IGF via des programmes FEDER, CPER et des collectivités locales.
La trajectoire financière de l'IGF peut être vérifiée au moyen des bilans annuels et des comptes de résultats qui
peuvent être fournis lors de l'évaluation.
1. L'écosystème de l'IHU (département ID, unités de recherche, start-ups) s'est développé au cours de la
période de référence.
Comme indiqué précédemment, l'IGF intervient financièrement dans des domaines très spécifiques soutenant la
mission scientifique de l'IHU MI (financement de bâtiments, équipements, valorisation, formation initiale, etc.)
Les utilisateurs finaux sont les structures hébergées au sein de l'IHU : le service des maladies infectieuses, les quatre
UMR et les start-up. Plusieurs initiatives ont été prises depuis 2 ans pour assurer un accès équilibré de tous les
acteurs aux financements de la Fondation : redistribution des locaux, accès aux plateformes technologiques,
publication de l'appel à projets " Infectiopôle Sud " pour le financement des doctorants et post-doctorants.
Ces fonds apportés par l'IGF sont orientés vers les thématiques scientifiques définies par les états généraux de la
recherche, qui sont transversales aux UMR et au département. Il ne s'agit donc pas de se substituer au
développement du département et des UMR mais de tirer parti de l'ensemble de l'écosystème de l'IHU.
Le service des maladies infectieuses est principalement financé par l'Assurance maladie au travers de
son activité de soins. Les recettes directes et les MIGAC du service sont passées de 24 M€ en 2011 à 37
M€ en 2019, améliorant sa marge opérationnelle, les dépenses directes passant de 24,5 M€ en 2011 à
29,5 M€ en 2019. La période COVID 2020-2022 a été anormale d'un point de vue budgétaire. Cependant,
l'année 2023, avec 41 M€ de recettes, se rapproche de l'année 2019. L'année 2017, correspondant à
l'ouverture du bâtiment de l'IHU, marque une amélioration significative des recettes et de la marge
opérationnelle du service, correspondant au regroupement des laboratoires de microbiologie et à
l'ouverture de 25 lits supplémentaires à personnel médical constant (PMD).
Les UMR se sont également dotées d'un budget annuel (recettes propres, dotations et masse salariale)
compris en moyenne sur la dernière période d'évaluation entre 3 et 4,5 M€ par an et par unité.
Les start-ups de l'IHU ont réalisé un chiffre d'affaires cumulé de 6,5 millions d'euros depuis fin 2011 et ont
obtenu 7,4 millions d'euros de subventions. Soit un chiffre d'affaires de 1,12 M€ par an.
10
L'IHU présente un budget de fonctionnement annuel consolidé (Fondation, Département, UMR, Start-ups) d'un
peu plus de 63M€.
2. La trajectoire financière de l'IGF inclut le développement de revenus propres
L'un des changements fondamentaux impulsés par le nouveau directeur et plus largement par la nouvelle
gouvernance de l'IHU est une volonté marquée d'ouvrir l'Institut dans toutes ses dimensions scientifiques,
médicales et partenariales, alors qu'il fonctionnait jusqu'à présent dans un relatif isolement. Cette nouvelle
orientation stratégique est susceptible d'avoir l'impact le plus profond sur le modèle économique de la Fondation
dans les années à venir et donc sur son plan de financement.
Il existe une réelle dynamique propice à une évolution significative du modèle de financement de l'IHU MI selon
plusieurs axes que nous avons identifiés et évalués pour leur potentiel de recettes et les coûts associés. Ce
renforcement du modèle économique de l'IGF, par l'augmentation de ses recettes propres qui s'élèvent
actuellement à 23M€ par an, vise à répondre à l'attente du Conseil d'administration de rétablir l'équilibre financier
dans les meilleurs délais. En raison d'une baisse de 1M€ de la subvention " France 2030 " à partir de 2020, la
Fondation a dû puiser dans ses réserves (fonds dédiés) pendant deux années consécutives, les ramenant de
13M€ fin 2020 à 12M€ fin 2021, puis à 11,7M€ fin 2022. L'objectif est de combler un léger déficit structurel de
fonctionnement qui s'est développé, afin d'éviter de réduire les fonds dédiés.
La trajectoire financière souhaitée devrait s'inscrire dans le cadre d'un renforcement ambitieux du modèle
économique de la Fondation et du développement de ses recettes propres, la rendant moins dépendante de
la subvention annuelle France 2030, qui représente encore 25% du budget annuel de la Fondation18 , alors qu'elle
représentait 39% du budget de la Fondation en 2017, première année d'exploitation du bâtiment.
La trajectoire financière de la Fondation prévue pour les 5 prochaines années repose sur 6 axes principaux et a
été validée par le Conseil d'administration le 21 novembre 2023 :
A. Valorisation des plateformes technologiques de l'IHU MI
Les plateformes technologiques de l'IHU (génomique, bioinformatique, protéomique, culturomique, NSB3,
biobanque, insectarium, microscopie électronique, centre de recherche vétérinaire, plateforme de recherche
sérologique, etc.) sont reconnues comme des infrastructures complètes et modernes.
Elles représentent donc un fort potentiel pour attirer des partenaires publics et privés afin de mener des
recherches collaboratives ou de fournir des services. Actuellement, ces plateformes servent principalement les
unités UMR de l'IHU - en particulier MEPHI / VITROME - et occasionnellement des partenaires académiques en
dehors de l'IHU.
Malgré l'absence d'une approche promotionnelle organisée pour ces plateformes, l'IHU a tout de même
développé des collaborations significatives au fil des ans, notamment avec
pour le développement
d'outils d'intelligence artificielle dans le domaine de la microscopie électronique, ou plus récemment avec
pour le développement de kits de diagnostic. Toutefois, ces collaborations se sont produites
de manière opportuniste plutôt que de manière structurée et proactive.
L'IHU Méditerranée Infection a récemment remporté cinq projets d'équipement pour ses plateformes de
recherche, financés conjointement par le Contrat Avenir Etat-Région (CPER) et le Fonds Européen de
Développement Régional (FEDER), pour un montant total de 7,8 M€ d'investissement. Dans le cadre de cet appel
à projets, l'IHU s'est également engagé à développer des collaborations avec des entreprises innovantes de
biotechnologie.
De plus, la biobanque de l'IHU Méditerranée Infection, en plus d'être une plateforme technologique de pointe
(stockage sécurisé et automatisé de 3 millions d'échantillons) à la disposition des utilisateurs finaux de l'IHU, abrite
également une collection unique de souches microbiennes issues des travaux de l'IHU, la collection CSUR. Cette
18 Résumé financier simplifié
11
collection présente un potentiel de valorisation propre, comme en témoignent les ventes passées à des
entreprises travaillant au développement de biothérapies.
B. Gestion de projets de recherche compétitifs (GRANT Office)
La stratégie d'ouverture de l'IHU Méditerranée Infection passe naturellement par l'augmentation du nombre de
propositions soumises par les équipes de recherche de l'IHU en réponse aux appels à projets compétitifs des
grandes agences de financement de la recherche.
Fin 2022, un accord-cadre sur la recherche clinique entre l'AP-HM et l'IGF a été signé pour définir les conditions
opérationnelles de la reprise de la recherche clinique à l'IHU. Ce cadre précise les ressources humaines dédiées
à cette activité, les recherches de financement, et confirme que l'AP-HM est le promoteur ou le gestionnaire
systématique de tous les projets de recherche clinique. Cette reprise a été approuvée par l'ANSM en octobre
2023, initiant le dépôt des premières propositions dans la nouvelle configuration organisationnelle.
Au-delà de la recherche de financements pour des projets de recherche clinique auprès du service
d'infectiologie promu par l'AP-HM, l'IHU vise à mieux structurer l'accompagnement des scientifiques dans la
soumission de projets de recherche translationnelle et fondamentale par la mise en place d'un Grant Office.
L'accompagnement des UMR dans la recherche de financements est une problématique transversale à
l'ensemble des laboratoires d'Aix-Marseille Université, qui a conduit à la création de la Mission Europe pour la
Recherche afin de mutualiser les moyens avec l'IRD, l'INSERM et le CNRS pour offrir un guichet unique
d'accompagnement à la recherche de financements européens.
L'objectif du responsable des subventions de l'IHU est d'être une ressource au sein de l'IHU, connaissant bien les
thèmes de recherche et les scientifiques de l'IHU. Actuellement, l'IHU manque clairement d'un soutien structuré
pour augmenter le taux de réponse aux appels à projets compétitifs nationaux et internationaux et améliorer leur
taux de réussite.
Ce modèle d'un Grant Office d'une ou deux personnes, étroitement lié à la Mission Europe pour la Recherche,
existe localement au Centre d'Immunologie de Marseille-Luminy (CIML) et est très efficace. Un institut comme
l'IHU Méditerranée Infection a également la taille critique pour mettre en œuvre ce type de service et d'autres
IHU l'ont fait avec succès.
Si la politique de l'IHU est de continuer à soumettre de plus en plus de projets pour financement à des agences
françaises et européennes, la création d'un tel Grant Office est essentielle. D'un point de vue budgétaire, le poste
de responsable des subventions serait couvert par l'IGF, éventuellement renforcé par d'autres personnes par la
suite, dans le but de soumettre des demandes de financement à des agences françaises et européennes.
Même si la Fondation n'est pas nécessairement le gestionnaire administratif des appels à projets, elle recevra une
partie du financement sous la forme d'une subvention :
Frais de gestion grâce à la valorisation du temps de travail de l'agent de subvention
Financement des ressources humaines potentielles portées par la fondation et dédiées au projet
Financement des plates-formes de l'IHU.
C. Revenus de la propriété industrielle
L'IHU MI a connu un premier cycle de dépôts de propriété intellectuelle et de transferts de technologies, dont les
premiers résultats peuvent désormais être évalués après plus de 10 ans d'existence de l'IHU. Ce premier cycle a
permis le dépôt de 58 familles de brevets depuis 2011, la création de 9 start-ups (dont la plupart ont été
hébergées au sein de l'IHU), la création de 30 emplois directs, et la publication d'environ 86 articles scientifiques
en partenariat avec ces start-ups.
Sur le plan financier, cela s'est traduit par des recettes réelles, principalement sous la forme de remboursements
de taxes de propriété intellectuelle ou de paiements initiaux provenant de cessions de licences, pour un montant
total de 529 119,58 euros. Les revenus estimés des brevets sous licence pour 2024 sont d'environ 100 000 euros,
marquant la troisième année consécutive où les revenus de la valorisation ont été égaux ou supérieurs à 100 000
euros.
12
En ce qui concerne les actions menées par les startups de l'IHU, le résultat financier cumulé du transfert de
technologie depuis 2011 reste négatif. Les coûts liés au dépôt et au maintien de 39 brevets entièrement pris en
charge par l'IGF s'élèvent à un montant cumulé de 1,5 million d'euros, tandis que la maturation des brevets, le
développement des startups et l'octroi de licences ont été des processus très longs. Bien qu'il existe de réelles
perspectives de revenus autour de 4 à 5 brevets sous licence avec des startups qui pourraient améliorer ce
résultat financier dans les 5 ans, il est clair que le modèle de valorisation au sein de l'IHU doit être reconsidéré. Il
reposait sur la substitution quasi-complète de l'IGF à la SATT Sud-Est dans le dépôt, l'entretien et la concession de
licences de brevets à des startups ou des partenaires industriels, et sur la mise en place d'un accord de
copropriété sommaire entre les fondateurs de l'IGF et de l'IHU lors du conseil d'administration de novembre 2016,
qu'il convient de réviser. La nouvelle direction de l'IHU, en accord avec Aix-Marseille Université, a pour objectif
d'établir un contrat cadre entre la SATT Sud-Est et l'IGF afin que le transfert de technologie de l'IHU depuis les
laboratoires soit principalement géré par la SATT Sud-Est en collaboration avec l'IGF, qui jouerait un rôle de
catalyseur/amplificateur, permettant une co-maturation entre la SATT et l'IGF.
Financièrement, avec ce changement de positionnement de l'IGF, l'objectif pour les cinq prochaines années ne
peut être de développer significativement les recettes issues de la PI mais plutôt de maintenir un équilibre
d'activité tel qu'observé depuis 2021. En effet, une partie des recettes sera redirigée vers les SATT, qui supporteront
également une part importante des coûts. Par ailleurs, le temps nécessaire à la formation d'une nouvelle
génération de scientifiques actifs dans le dépôt de brevets et la création de startups ne permet pas d'envisager
des retours financiers substantiels à court terme au-delà de ceux observés ces dernières années
D. Dons, legs et parrainage
L'IHU Méditerranée Infection est le seul IHU à ne pas avoir de politique active de collecte de dons, legs et
mécénat. La période COVID-19 a été marquée par de nombreux dons spontanés d'entreprises et de particuliers
(650 k€ en 2020). Cependant, en 2022, ce montant est tombé à 40k€ pour l'IGF. Bien que l'ensemble du conseil
d'administration soit convaincu que les dons et le mécénat représentent un levier de financement important et
inexploité pour l'IHU, il a été jugé trop tôt en raison du risque important que les dons à l'IHU soient exploités et/ou
médiatisés autour de l'ancien directeur, que ce soit par ses soutiens ou ses détracteurs.
Il a été validé qu'à partir de 2024, la Fondation développera une stratégie de mécénat autour de l'IHU
Méditerranée Infection, avec une mise en œuvre opérationnelle prévue fin 2024. Le renouvellement de
l'agrément et de la subvention de l'IHU pourrait également marquer un moment clé pour le renouveau de
l'institut, facilitant la communication sur le mécénat et l'appel à la générosité publique dans le cadre du nouveau
projet scientifique de l'IHU Méditerranée Infection approuvé par le SGPI, le HCERES, et l'ensemble des fondateurs
et partenaires de l'IHU.
E. Soutien financier à la formation et à l'éducation des jeunes chercheurs
L'IGF octroie chaque année des bourses à plus de 60 étudiants pour des masters, des doctorats ou des études
post-doctorales. Ces étudiants viennent principalement des pays du Sud. Cette mission d'enseignement est l'un
des piliers de l'IHU et joue un rôle essentiel dans l'établissement de partenariats scientifiques à long terme. Les
étudiants financés par l'IGF sont affectés dans l'un des laboratoires du réseau Infectiopôle Sud, dont les membres
partenaires sont le CHU de Nîmes, le CHU de Nice, l'Université de Montpellier et l'Université de la Côte d'Azur, qui
a exprimé le souhait de redevenir partenaire de l'IHU.
L'augmentation du coût des contrats doctoraux et post-doctoraux est notable ces dernières années. Le budget
prévisionnel à l'horizon 2025 pour cette mission de l'IHU est estimé à 1,6 M€. Bien qu'il existe des possibilités de
cofinancement (ex : Emploi jeunes doctorants Région Sud), le financement de cette mission centrale de l'IHU ne
peut se faire que par le maintien de la subvention de l'IHU via France 2030. Avant 2011, cette mission de formation
initiale en infectiologie était financée par le RTRS Infectiopôle Sud.
F. Investissements dans les technologies de pointe
Enfin, le modèle économique de la fondation doit intégrer le maintien d'une forte politique d'investissement dans
les technologies de pointe, l'une des forces de l'IHU Méditerranée Infection, essentielle à la réussite des axes 1 et
2 précités. L'IHU a démontré sa capacité à maximiser le potentiel de ses équipements et même à en développer
de nouvelles applications. La collaboration en cours avec
illustre le modèle que l'IHU souhaite suivre en
termes d'avancées technologiques.
13
Une capacité technique accrue se traduit en fin de compte par une productivité scientifique plus élevée, une
qualité solide, de meilleurs délais d'exécution et donc un plus grand attrait pour les collaborations universitaires
ou industrielles.
Les prévisions d'investissement 2024-2029 et le besoin d'autofinancement sont principalement liés à la subvention
annuelle d'investissement du Conseil régional et au FEDER/CPER 2021-2027, pour lequel l'IHU a remporté cinq
projets d'un montant total de 7,8 M€ afin de doter l'institut de nouveaux équipements de protéomique, de
culturomique, de microscopie électronique à atmosphère NSB3, ou de séquençage spatial. Il s'agit d'un
investissement important mais nécessaire pour maintenir le haut niveau technologique de l'IHU.
Ces 6 axes de développement nécessitent la mise en place de ressources administratives structurantes à l'IHU MI,
qui ont été recrutées en 2024 ou sont en cours de recrutement (Grant officer, plateformes d'ingénieurs qualité,
responsable des partenariats industriels, responsable des dons et mécénats).
3. L'IHU MI doit rester financé par France 2030
Dans l'ensemble, l'IHU MI présente une trajectoire financière rassurante :
La construction et l'exploitation du bâtiment sont prises en charge par la Fondation.
Plus de 11 millions d'euros de fonds dédiés à la Fondation
Un service hospitalier rentable et des UMR capables d'obtenir des financements
L'institut a identifié des leviers de croissance propres à la Fondation pour réduire la dépendance à la dotation
annuelle France 2030 gérée par l'ANR et pour continuer à combler un léger déficit structurel qui s'est développé
depuis la réduction de cette dotation de 3,1M€ à 2,2M€ à partir de 2020. Le financement initial de ces clés pour
activer les leviers de croissance de l'IHU et maintenir une politique forte d'accompagnement des étudiants en
formation initiale nécessite, à notre sens, de maintenir un financement annuel de l'ordre de 2,5M€ par an jusqu'en
2030, chiffre que nous affinons dans le cadre des discussions sur le projet stratégique à 5 ans.
Cela semble également cohérent avec la recommandation 15 de la mission IGAS-IGESR de 2016 : " Programmer
un socle de subventions récurrentes d'une vingtaine de millions d'euros par an pour les six IHU actuels sur la
période 2020-2030 "19 ou le rapport des sénateurs20 Jean-François Rapin et Thierry Meignen en février 2022.
Parce que tous les projets d'IHU, et notamment celui de l'IHU MI, s'appuient à la fois sur une activité clinique
importante et sur les activités de recherche des UMR conduisant à l'innovation en santé, il est partagé par
l'ensemble du conseil d'administration de l'IHU MI de soutenir l'ensemble des IHU demeurant un " outil France 2030
" et bénéficiant, à ce titre, d'une gouvernance interministérielle.
Référence 4. L'IHU déploie une gestion des ressources humaines adaptée à sa stratégie et
aux moyens dont il dispose.
1. Un IHU avec six employeurs principaux : un atout pour la mise en œuvre de la stratégie de l'IHU
L'IHU MI s'est construit autour de la consolidation de plusieurs services de l'AP-HM dans le domaine des soins et
des maladies infectieuses et autour d'unités de recherche préexistantes (SESSTIM, URMITE, UVE). Les effectifs ont
19 Rapport de l'IGAS " Modèle Economique des IHU " p.91 et p.92
20 Rapport du Sénat français 2022 sur l'IHU p.15
14
connu des réorganisations, notamment géographiques avec le déménagement de services et de laboratoires.
Depuis 2017, la croissance est plus régulière en lien avec le développement du département et des UMR.
En ce qui concerne le département des maladies infectieuses de l'AP-HM, les événements marquants depuis la
création de l'IHU sont les suivants :
La création de l'unité d'hôpital de jour
La capacité à s'adapter aux crises sanitaires en termes de diagnostic, de soins médicaux ou de
surveillance génomique des infections émergentes.
Le passage à trois services d'hospitalisation de niveau de sécurité biologique 2, l'un des trois services
ayant la capacité d'augmenter progressivement son niveau de sécurité biologique pour accueillir les
patients les plus contagieux.
L'intégration avec le laboratoire de biologie médicale et le centre de ressources biologiques de l'AP-HM
Le renforcement des équipes de recherche clinique
La structuration de la plateforme de séquençage génomique à des fins diagnostiques
Un défi important pour le département des maladies infectieuses sera le renouvellement d'une génération de
praticiens, dont plusieurs sont proches de la retraite, ce qui est également nécessaire en raison de la crise
institutionnelle que l'IHU a connue ces dernières années. Un nouveau chef de service a été nommé en juin 2023.
Aix-Marseille Université est le deuxième employeur de l'IHU MI, avec la tutelle de toutes les unités de recherche
hébergées au sein de l'IHU et le principal employeur de 150 personnes (médecins hospitalo-universitaires,
chercheurs, personnels techniques et administratifs). L'université a joué un rôle central dans la forte dynamique
autour de la formation initiale et professionnelle. En effet, 80% des quelques 150 étudiants de l'IHU sont affiliés à
Aix-Marseille Université et principalement à l'Ecole Doctorale "Sciences de la Vie et de la Santé". Par ailleurs, AMU,
à travers le programme A*Midex et le financement de chaires d'excellence, a facilité l'arrivée de scientifiques à
l'IHU.
Concernant les UMR, le retrait de l'INSERM et du CNRS des UMR MEPHI et VITROME en 2018 a impacté
négativement le nombre de chercheurs et d'ITA présents à l'IHU, avec plus d'une dizaine de départs, notamment
dans les plateformes technologiques. Néanmoins, l'INSERM reste un employeur important à l'IHU, compte tenu du
nombre de personnels financés pour l'UVE et l'équipe SanteRCom du SESSTIM.
La présence du Service de Santé des Armées (SSA) a été renforcée tout au long de l'existence de l'IHU. Dans un
premier temps, l'émergence du projet IHU MI a été centrale pour convaincre le SSA de maintenir une partie de
ses activités de recherche à Marseille suite à la fermeture de l'Institut de Médecine Tropicale du Service de Santé
des Armées. En 2016, le SSA est devenu membre fondateur de l'IHU, et deux équipes ont rejoint les locaux de
l'IHU, la première fin 2017 (Unité de parasitologie et d'entomologie) et la seconde début 2019 (Unité de virologie),
bénéficiant chacune de plus de 300m² d'espace dédié. Ces deux équipes (24 personnes) ont renforcé la visibilité
nationale de l'IHU, puisqu'elles accueillent respectivement le Centre national de référence pour le paludisme et
le Centre national de référence pour les arbovirus. La présence du SSA est une ressource importante pour le
développement de l'axe Emergence microbienne. Les liens avec le SSA vont au-delà des unités hébergées à
l'IHU. En effet, neuf personnes du Centre d'Epidémiologie et de Santé Publique des Armées et des Hôpitaux
d'Instruction des Armées de Laveran et de Saint-Anne font partie de l'UMR RITMES (anciennement VITROME).
L'IRD est un partenaire central du projet IHU, notamment dans le cadre de la recherche sur les infections au Sud
et de l'établissement de partenariats avec des instituts des pays francophones du Sud. La présence d'une équipe
de recherche de l'IRD au Sénégal (au sein de l'UMR RITMES) est un atout indéniable et a contribué à de nombreux
projets communs entre les instituts sénégalais et l'IHU MI. Le départ de l'IRD en tant que tutelle de ces deux unités
au moment où l'IHU MI est en phase de reconstruction et d'élaboration d'un nouveau projet est très regrettable,
bien que l'IRD reste pleinement membre fondateur de l'IHU. Cette situation instable a inévitablement un impact
sur la stabilité scientifique et financière du projet. Le nouveau projet d'UMR RITMES, dont beaucoup sont liés aux
pays du Sud, sera soumis au Conseil scientifique de l'IRD dans l'espoir d'un retour de l'IRD en tant que tutelle.
Depuis sa création, l'IRD s'est fortement et régulièrement engagé à financer les étudiants de l'IHU.
Enfin, l'IGF est le dernier grand employeur de l'IHU. Dans son rôle de catalyseur du projet IHU, l'IGF est avant tout
le premier financeur des étudiants en formation initiale à l'IHU. La formation est un levier majeur pour l'IHU dans le
déploiement de sa stratégie scientifique interne car ces étudiants sont à la base de la production scientifique
des unités hébergées à l'IHU et externe car une part importante des étudiants, notamment ceux financés par la
Fondation, sont originaires des pays du Sud et contribueront à maintenir ou créer des partenariats avec les instituts
de leur pays d'origine. La Fondation emploie 24 personnes affectées aux plateformes technologiques communes
de l'IHU, qui constituent également un levier fort de soutien à la stratégie scientifique de l'IHU. Enfin, la Fondation
15
dispose d'une équipe " administrative " en appui aux chercheurs, créant des liens de plus en plus efficaces avec
les orientations des fondateurs (secrétaire général adjoint au SG, responsable administratif, juriste, responsable
de la valorisation, etc.) Cette équipe administrative a vocation à se renforcer, notamment dans le cadre de la
mise en œuvre du nouveau modèle économique de l'IHU MI, qui nécessite la mise en place de plusieurs postes
clés (réf. 3.).
Au total, l'IHU MI accueille ainsi plus de 800 personnes dépendant de six principaux employeurs différents (AP-
HM, AMU, SSA, INSERM, IRD, FMI)21 .
2. L'exemple emblématique de la gestion COVID-19 : La fondation et l'hôpital universitaire ont largement
ajusté leur dotation en personnel.
La période COVID-19 illustre une politique de ressources humaines dynamique qui répond avec agilité aux défis
et garantit à l'institut les moyens de mener à bien sa mission.
En 2020-2021, en raison de la crise sanitaire, l'IGF a recruté 46 personnes supplémentaires pour des durées
variables (ingénieurs, techniciens de laboratoire, assistants-ingénieurs, pharmaciens, etc.), tout en prolongeant
d'un an le financement de tous les doctorants. Du côté de l'AP-HM, 297 renforts COVID ont été intégrés
temporairement dans le département. Ces renforts ont été progressivement réduits au fur et à mesure que
l'intensité de la pandémie diminuait.
Par ailleurs, plus d'une centaine de volontaires ont été mobilisés au cours des années 2020-2021 pour organiser le
suivi des patients ambulatoires de COVID-19, aux côtés des praticiens du service des maladies infectieuses.
3. Une forte volonté d'intégrer de nouvelles équipes de recherche.
La nouvelle direction de l'IHU a entamé un dialogue avec l'université, le CHU, le conseil scientifique et tous les
fondateurs et partenaires de l'institut afin de définir une politique d'intégration des nouvelles équipes de
recherche. Cette volonté répond à un double enjeu : renforcer la politique d'ouverture de l'IHU, fil conducteur
de la nouvelle direction, et apporter du sang neuf à un institut dont l'intégrité scientifique a été mise en cause
par certains pairs, entraînant un déficit d'attractivité évident. Le retour de l'INSERM au sein de l'IHU pourrait ainsi
se concrétiser par l'aide à l'intégration d'une nouvelle équipe de recherche co-encadrée par Aix-Marseille
Université.
Les priorités identifiées sont l'intégration d'une équipe en immuno-infectieuse en lien avec le déploiement du
projet de Biocluster Immunologique de Marseille. L'axe immuno-infectieux est actuellement trop marginal au sein
de l'IHU MI, et l'arrivée de cette nouvelle équipe permettrait également de développer une recherche plus
fondamentale sur les interactions hôte-pathogène, qui fait défaut à l'IHU, comme l'a noté le Conseil Scientifique.
Un autre projet consiste à financer un chercheur travaillant sur le microbiome placentaire pré et post-natal par
le biais d'une chaire A*Midex.
En s'appuyant sur les relations tissées grâce au financement d'étudiants étrangers, l'IHU a développé un modèle
innovant de coopération internationale centré principalement sur le monde francophone. L'IHU MI doit s'appuyer
sur ce réseau pour recruter de nouveaux chercheurs externes, en s'appuyant également sur les capacités des
fondateurs comme l'IRD et le SSA, bien implantés dans ces pays. Depuis 2011, 765 chercheurs des pays du Sud
ont été formés à l'IHU MI.
4. Relations professionnelles et bien-être, la récente mise en œuvre d'une approche multi-employeurs à
l'IHU
21 MI de l'ensemble du personnel de l'IHU par employeur
16
La dernière inspection IGAS-IGESR a mis en évidence un manque de coordination dans les relations sociales et
une approche globale partagée entre les différents employeurs. En outre, la gestion hypercentralisée de l'ancien
directeur a pu aggraver ce manque de coordination et provoquer une souffrance au travail.
Le nouveau directeur de l'IHU MI a présenté lors de son audition un projet en rupture avec ces méthodes
managériales. Outre des changements significatifs dans la composition des comités qui soutiennent l'action
quotidienne du directeur de l'IHU, la nouvelle direction de l'IHU a initié une forte dynamique inter-employeurs.
Depuis le début de l'année 2023, tous les employeurs de l'IHU se réunissent avec la direction environ tous les deux
mois. Un plan ambitieux de réécriture d'un projet social commun a été arrêté. Cette démarche est véritablement
structurante et transformatrice dans le paysage du modèle hospitalo-universitaire classique.
Un moment important de cette démarche a été la mise en place d'un baromètre social à l'IHU, dont la première
session a été organisée en novembre 2023. Ce baromètre social a été construit avec l'ensemble des employeurs
et des personnels sur la base du baromètre social créé par l'ANFH depuis 2013. 334 personnes ont participé au
baromètre social de l'IHU22 , soit plus de 40%. Il a révélé des ressources et des éléments de soutien forts au sein de
l'IHU (taux de réponses positives ou très positives de plus de 70%). Cette analyse du climat social et de la qualité
de vie au travail à l'IHU doit servir de base à tous les employeurs de l'institut pour mener une politique innovante
de qualité de vie au travail dans ce type d'établissement. Ce premier baromètre social a révélé un véritable
esprit "campus". La volonté de mettre en place un comité de vie étudiante devrait encore renforcer cet aspect.
Les employeurs de l'IHU MI ont également convenu de rédiger une charte des relations du travail23 résumant les
différents documents régissant les relations du travail (règlement intérieur, DUERP, etc.) propres à chaque
employeur. Les conseillers en prévention de chaque employeur ont initié une démarche collective d'évaluation
des risques, notamment dans les laboratoires où se côtoient des personnels d'employeurs différents, et se sont
associés aux efforts de la cellule hebdomadaire d'hygiène et de sécurité de l'institut. Des formations à la
prévention des risques psychosociaux et à la prévention du harcèlement sexuel24 ont été largement diffusées au
cours des deux dernières années. Enfin, les services de santé au travail ont formé un groupe de travail qui a permis
de réviser et d'harmoniser les protocoles d'embauche et de suivi du personnel concernant les risques chimiques
et biologiques.
22 Rapport du baromètre social IHU MI
23 Charte inter-employeurs IHU MI
24 Brochure Formation " Bien-être au travail " et " prévention des agissements sexistes "
17
SWOT DOMAINE 1
Points forts :
Forte intégration entre les soins, les diagnostics et la recherche.
Attractivité basée sur la combinaison de plateformes technologiques de haut niveau, l'accès à des
échantillons biologiques qualifiés et des leaders scientifiques.
La réactivité et l'agilité du modèle de l'IHU ont été démontrées.
Présence de 4 centres nationaux de référence (CNR) au sein de l'Institut.
Structure duale unique en son genre, avec un champ d'application à la fois civil et militaire.
Rôle majeur de l'IHU dans la formation initiale.
Positionnement international de l'Institut avec une relation équilibrée notamment avec les pays du Sud.
Un bâtiment intelligent.
De nombreux changements de gouvernance au cours des deux dernières années et une politique
d'ouverture vers le monde académique et industriel menée par le nouveau directeur.
Faiblesses :
Image à reconstruire, notamment auprès de la communauté scientifique et des éditeurs.
Un déficit de représentation de l'IHU Méditerranée Infection dans la stratégie nationale de lutte contre
les maladies infectieuses.
Recherche fondamentale insuffisamment développée en pathogénie à l'IHU, qui est très axé sur la
recherche clinique et translationnelle.
Renforcement de la communication interne, notamment en ce qui concerne le partage de la vision
stratégique de l'institution.
Opportunités :
Un retour possible de l'INSERM.
Réengagement fort des fondateurs, en particulier AMU et AP-HM, mais aussi SSA.
Capacité d'accueil d'une nouvelle équipe scientifique.
Organisation de deux congrès internationaux à l'IHU en 2025 (poux) et 2026 (émergence microbienne)
en partenariat avec les sociétés françaises de microbiologie et d'immunologie.
Des sources bien identifiées de développement des revenus propres de l'IGF.
Une stratégie scientifique de l'IHU (cf. états généraux de la recherche de l'IHU MI) alignée sur les
priorités de l'ANRS-MIE.
L'IHU Méditerranée Infection a été confirmé comme le seul IHU consacré aux maladies infectieuses
après la troisième vague d'IHU.
Menaces :
L'incertitude sur la poursuite du financement de l'IHU par France 2030, qui pourrait avoir un impact
immédiat sur l'accueil des étudiants, l'obsolescence de certains équipements, ou la capacité à
rechercher des financements complémentaires.
Distinction de l'IRD de deux UMR de l'IHU (MEPHI et RITMES).
Une UMR (UVE) qui reste en retrait du projet IHU malgré le changement d'orientation et le
réengagement fort des sponsors.
18
DOMAINE 2 : RÉSULTATS ET IMPACTS SIGNIFICATIFS DES ACTIVITÉS DE L'IHU DEPUIS SA
CRÉATION
Référence 5. Les activités de l'IHU attirent du personnel scientifique de haut niveau et
contribuent à la visibilité de la recherche biomédicale française.
1. Les éléments clés de l'attractivité d'un centre comme l'IHU Méditerranée Infection
L'IHU MI est reconnu au niveau national et international comme un centre majeur de recherche en microbiologie
et maladies infectieuses. Marseille est une destination privilégiée pour les jeunes scientifiques, en particulier des
pays francophones, qui souhaitent développer une carrière scientifique dans ce domaine.
L'IHU MI combine trois éléments fondamentaux : une excellente activité clinique, des installations performantes
et des scientifiques de renom.
Le principe directeur des soins aux patients à l'IHU MI est l'excellence, avec des exemples tels que la gestion de
la tuberculose, du VIH, des infections ostéo-articulaires, des infections zoonotiques et de nombreuses autres
maladies infectieuses. L'IHU est équipé pour prendre en charge les patients les plus contagieux, y compris les cas
graves, grâce à sa capacité à confiner complètement ces patients, en particulier lorsque des mesures de soins
intensifs sont nécessaires, à protéger le personnel soignant et les visiteurs, et à développer et mener toutes les
investigations complémentaires nécessaires au niveau local. Les récentes épidémies de COVID-19 et de
Monkeypox sont des exemples de la capacité de l'institut à répondre et à s'adapter aux infections émergentes.
En outre, l'IHU a développé des cohortes de patients et des collections d'échantillons au fil des ans, ce qui
constitue un atout important. L'IHU est également reconnu comme un centre de référence national pour les
rickettsioses, le paludisme, les arbovirus et la toxoplasmose, ainsi que comme l'une des quatre plateformes
publiques nationales de séquençage génomique intégrées au consortium EMERGEN.
La qualité des installations et plus particulièrement des équipements scientifiques est également un facteur
d'attractivité majeur, avec des plateformes technologiques performantes où plus de 30 millions d'euros ont été
investis dans de nouveaux équipements depuis 2011 grâce aux financements européens FEDER, aux différents
Contrats de Plan État-Région et au soutien des collectivités locales. L'IHU propose des services uniques, comme
la cytométrie en flux en conditions BSL3 ou la microscopie électronique. Ces plateformes sont ouvertes aux
équipes de recherche et de diagnostic en génomique, qui se rendent chaque semaine à l'IHU.
Enfin, les équipes de recherche de l'IHU MI jouissent d'une reconnaissance internationale. L'IHU a développé un
vaste portefeuille de recherche couvrant de nombreux aspects de la microbiologie diagnostique et clinique.
L'accent a été mis sur l'identification de nouveaux pathogènes humains, y compris des contributions significatives
à de nouveaux micro-organismes tels que les virus géants, représentant un nouveau domaine du monde vivant
(par exemple, Mimiviridae), et sur la découverte du rôle d'organismes connus dans de nouvelles conditions, telles
que les archées dans les infections dentaires ou Tropheryma whipplei dans la diarrhée infantile. La
transdisciplinarité des équipes de l'IHU est également une source d'attractivité ; toutefois, certaines
compétences, telles que la biochimie, la protéomique ou l'immunologie infectieuse, doivent être renforcées en
interne. Quelques exemples de recherches à visibilité internationale publiées par des chercheurs de l'IHU figurent
dans l'annexe ci-jointe25 . Outre le nombre de publications de l'IHU, la renommée des chercheurs de l'institut se
reflète dans leur classement en tant que chercheurs très cités26 (2022). Par ailleurs, la plateforme Expertscape
Rankings of Medical Expertise a classé Cheikh Sokhna comme le meilleur chercheur sénégalais en termes de
nombre de publications dans les domaines biomédical et du paludisme au cours des dix dernières années.
2. L'attractivité de l'Institut démontrée par les chiffres
L'attractivité de l'IHU MI en tant que centre d'excellence dans la lutte contre les maladies infectieuses peut être
mesurée à travers plusieurs indicateurs d'intérêt, que nous partageons régulièrement dans les rapports annuels
de suivi de l'ANR27 .
25 Publications à haute visibilité de l'IHU MI
26 Chercheurs très cités
27 Rapport ANR IHU 2011-2022
19
Depuis 2011, 77 chercheurs de 25 pays ont été accueillis à l'Institut en tant que scientifiques invités, dont Ernest A.
Gould (Grande-Bretagne), Cristiane Lamas (Brésil), Zuzana Sekeyova et Lenka Minichova (Slovaquie)28 . En outre,
de nombreux chercheurs internationaux viennent présenter l'état d'avancement de leurs travaux à l'IHU lors de
séminaires, notamment Joël Doré, Jonathan Ewbank, Laurence Zitvogel, Javier Pizzaro-Cerda, Philippe
Sansonetti, Didier Pittet et Richard Birtles au cours de l'année écoulée.
Le nombre de personnalités scientifiques accueillies à l'institut en 2023 et 2024, soit en tant que scientifiques invités,
soit dans le cadre d'un séminaire, démontre que l'IHU MI conserve un fort potentiel d'attractivité scientifique
malgré les controverses qui ont terni son image lors de la pandémie de COVID-19. Ce signal positif de la
communauté scientifique se reflète également dans les personnalités qui ont rejoint le conseil scientifique au
cours de l'année écoulée : Jacques Fellay, Nicolas Manel, Trine Mogensen, Xavier Nassif et Eric Vivier. Par ailleurs,
trois nouveaux membres du conseil scientifique sont en cours de nomination.
L'organisation confirmée de deux conférences internationales à l'IHU en 2025, le congrès de la Société de
Phtirologie et début 2026 sur l'émergence microbienne en collaboration avec la Société Française de
Microbiologie et la Société Française d'Immunologie, est une autre preuve du potentiel d'attractivité de l'institut
et de ses équipes de recherche.
En ce qui concerne les étudiants, l'IHU a joué un rôle de premier plan dans la formation initiale des étudiants
français et des étudiants des pays du Sud. Au total, plus de 3 000 étudiants (doctorants, masters, post-doctorants,
techniciens de laboratoire, étudiants en médecine, internes) ont été formés à l'IHU, dont plus de 700 en
provenance des pays du Sud.
Etudiants accueillis @IHU Méditerranée Infection
Tot : 3364
77
549
1252
616
589
120
161
PhD
Masters
Postdocs
Advanced Technicians
Medical Residents
Medical Students
Visiting Scientists
L'accueil d'étudiants internationaux, axe fort d'attractivité, a souvent été consolidé par l'établissement d'accords
de collaboration entre l'IHU et les instituts dont sont issus les étudiants29 . Ces accords de collaboration s'appuient
également sur des plateformes technologiques, notamment à travers une politique de transfert de savoir-faire
(culturomique, séquençage, spectrométrie MALDI-TOF). Au cours de leur séjour à l'IHU MI, les étudiants rédigent
plusieurs publications scientifiques, notamment dans le cadre de leur thèse, contribuant ainsi au rayonnement
de l'institut.
En ce qui concerne les partenaires industriels, depuis 2011, une trentaine de collaborations ou d'accords de
services ont eu lieu entre l'IHU et des partenaires industriels, démontrant la forte attractivité de l'IHU, qui offre des
plateformes technologiques de haut niveau, des collections d'échantillons cliniques et des scientifiques experts
à des partenaires industriels régionaux et internationaux. Il s'agit d'un axe de développement fort, car l'IHU MI a
le potentiel d'ouvrir davantage ses plateformes à des partenaires industriels. La collaboration la plus
emblématique est le codéveloppement avec la société
de
28 Visiteurs scientifiques IHU MI
29 Partenariats avec des instituts étrangers
20
l'utilisation d'appareils de microscopie électronique de paillasse pour le diagnostic microbiologique assisté par
l'intelligence artificielle. Cette collaboration se poursuit depuis 2018, avec la mise à disposition de cinq
microscopes électroniques à balayage, dont quatre microscopes de paillasse et un microscope à haute
résolution. L'IHU consacre une équipe de quatre personnes à temps plein à ce projet. Dans le cadre de
l'évaluation de l'IHU MI, le HHT est en mesure d'apporter un témoignage de l'attractivité d'un institut comme l'IHU
MI. Ces collaborations avec des partenaires industriels ont généré 4,9M€ de revenus pour la Fondation depuis
2011, avec une tendance à la hausse depuis 2022 (environ 600k€ par an en 2022, 2023, et 2024).
Témoin de l'attractivité de l'IHU, plusieurs membres du corps professoral de l'institut sont ou ont été membres des
comités éditoriaux de revues scientifiques internationales30 .
Localement, l'IHU a également travaillé avec des partenaires historiques, une partie des travaux ayant été
réalisés en collaboration durant la période de référence 2011-2023 et même avant. On peut citer les Professeurs
Bernard Henrissat (AFMB), Bruno Canard (AFMB), Bernard Malissen (CIML), Jean-Pierre Gorvel (CIML), et Jean-
Michel Claverie (CNRS).
Enfin, l'attractivité de l'IHU MI est démontrée par le fait que l'UMR, le département des maladies infectieuses, la
start-up et le FMI ont obtenu 64 millions d'euros de financement compétitif depuis 201131 . Il est cependant
regrettable qu'il n'y ait pas de subvention ERC à ce jour.
3. Les recherches de l'IHU-MI à l'origine d'avancées médicales majeures dans son domaine
Un exemple emblématique de l'impact de la recherche de l'IHU MI est la contribution significative à la
microbiologie diagnostique de routine, en particulier l'utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF pour
l'identification de routine des isolats microbiens.
L'IHU-MI a également découvert plus de 800 nouvelles espèces microbiennes associées à l'homme, soit près d'un
quart des nouvelles espèces associées à l'homme décrites dans le monde depuis 2011, dont les noms valorisent
la région (timonensis, massiliensis, etc.). L'identification de Mimivirus est un autre exemple emblématique.
Depuis 2013, l'IHU-MI a mis en place la transplantation de microbiote fécal pour les infections à Clostridioides
difficile dans le cadre d'une épidémie liée à un génotype particulièrement virulent (ribotype 027).
L'IHU-MI dispose d'une expertise internationale en matière d'endocardite, en collaboration avec l'équipe du
Professeur Gilbert Habib. En collaboration avec l'IHU, le professeur Habib est responsable de la rédaction des
recommandations européennes pour la prise en charge de l'endocardite3233 .
Les équipes SSA de l'IHU sont également à l'origine des lignes directrices relatives à la prévention du paludisme.
L'impact de la recherche de l'IHU MI dans le domaine des maladies infectieuses est également fortement soutenu
par la présence à l'IHU de quatre centres de référence nationaux et de deux centres de référence régionaux :
Le centre national de référence (CNR) pour les arbovirus
Le CNR pour le paludisme
Le CNR pour les rickettsioses, la fièvre Q et les bartonelloses
30 Liste des membres scientifiques des comités éditoriaux de l'IHU
31 Suivi des subventions IHU MI
32 Habib G, Lancellotti P, Antunes MJ, Bongiorni MG, Casalta JP, Del Zotti F, Dulgheru R, El Khoury G, Erba PA, Iung B,
Miro JM, Mulder BJ, Plonska-Gosciniak E, Price S, Roos-Hesselink J, Snygg-Martin U, Thuny F, Tornos Mas P, Vilacosta I,
Zamorano JL ; ESC Scientific Document Group. 2015 ESC Guidelines for the management of infective endocarditis
(Lignes directrices de l'ESC pour la prise en charge de l'endocardite infectieuse) : La Task Force pour la prise en
charge de l'endocardite infectieuse de la Société européenne de cardiologie (ESC). Approuvé par : L'Association
européenne de chirurgie cardio-thoracique (EACTS), l'Association européenne de médecine nucléaire (EANM). Eur
Heart J. 2015 Nov 21;36(44):3075-3128. doi : 10.1093/eurheartj/ehv319. Epub 2015 Aug 29. PMID : 26320109.
33 Thuny F, Grisoli D, Collart F, Habib G, Raoult D. Management of infective endocarditis : challenges and perspectives.
Lancet. 2012 Mar 10;379(9819):965-975. doi : 10.1016/S0140-6736(11)60755-1. Epub 2012 Feb 7. PMID : 22317840.
21
Le laboratoire d'appui au CNR de la toxoplasmose pour ses aspects sérologiques
Le centre de référence régional pour les maladies transmises par les tiques
Le Centre régional pour le bon usage des antibiotiques en région PACA-Ouest
4. La communication externe doit être recentrée
L'IHU MI a développé une politique de communication scientifique à travers de courtes interventions filmées par
divers chercheurs de l'institut sur différents sujets de microbiologie fondamentale ou clinique et des séminaires
donnés par des chercheurs invités à l'IHU, partagés sur YouTube. Le nombre de vues de ces vidéos est en
augmentation. Malheureusement, lors de la pandémie COVID-19 de 2020 à 2022, une partie de cette
communication a pris la forme de controverses qui ont considérablement affecté l'image de l'institut, la
confiance institutionnelle et les collaborations.
Si ce canal de communication publique peut continuer à exister dans un format purement informatif sur le travail
de l'IHU, il est important de communiquer également à un niveau plus académique. Les chercheurs de l'IHU sont
régulièrement invités à présenter leurs résultats lors de conférences nationales et internationales telles que
ECCMID, ASM Microbe, IDweek, RICAI et SFM Microbes. Globalement, l'IHU se coordonne parfaitement avec les
équipes de l'AP-HM et d'AMU sur la ligne de communication externe de l'institut.
Plusieurs membres de l'IHU sont ou ont été membres d'organes nationaux ou internationaux de pilotage de la
recherche ou d'expertise scientifique34 .
Plusieurs chercheurs de l'IHU ont organisé des événements scientifiques internationaux. Ainsi, Pierre-Edouard
Fournier a organisé le cours international ESCMID "Application of genomics to clinical microbiology" en 2014, le
50e congrès de l'European Society for Coxiellosis, Anaplasmosis, and Rickettsiosis en 2017 à l'IHU, et la réunion
annuelle du collège des microbiologistes hospitalo-universitaires français en 2019 ; Xavier de Lamballerie a
organisé le congrès Zikalliance à Marseille en 2018. En 2025, l'IHU organisera le 8e congrès international sur les
Phthiraptères, et en 2026, il organisera un congrès international sur les urgences infectieuses à Marseille avec le
soutien de la Société française de microbiologie et de la Société française d'immunologie. L'organisation de ces
congrès est un signe positif du potentiel de l'institut à retrouver une place centrale et reconnue par la
communauté scientifique dans la lutte contre les maladies infectieuses, comme c'était le cas jusqu'en 2019.
La communication institutionnelle interne est apparue comme un point faible lors du dernier baromètre social de
novembre 2023. Il s'agit d'un domaine d'amélioration sur lequel nous nous pencherons dans les années à venir.
Référence 6. L'IHU a obtenu des résultats qui se traduisent par la qualité de sa production
scientifique et le déploiement d'une recherche translationnelle efficace.
1. Une volonté de recentrer les priorités scientifiques de l'IHU
L'IHU MI a bâti son programme scientifique sur l'expertise des quatre équipes de recherche qui le constituent, sur
un financement important des étudiants en formation initiale et sur la mise en place de plateformes
technologiques de haut niveau. Si des thématiques phares ont émergé ou se sont consolidées depuis 2011 (étude
des rickettsioses, microbiote humain, émergences microbiennes, paléomicrobiologie), la diversification
importante des sujets de recherche a conduit à une augmentation du nombre de publications au détriment de
la qualité des revues dans lesquelles certaines de ces recherches ont été publiées.
La nouvelle direction, en collaboration avec les unités de recherche de l'IHU, a organisé une réflexion en 2023
pour recentrer le projet scientifique de l'institut. Ce projet, baptisé états généraux de la recherche de l'IHU MI a
identifié six grands axes de recherche de l'IHU, sur lesquels des moyens spécifiques seront alloués, grâce à la
participation d'un grand nombre de chercheurs de l'institut. Ces six thèmes de recherche comprennent l'étude
du microbiote humain, les émergences microbiennes, la mise au point de tests diagnostiques, les infections
sexuellement transmissibles, les infections dans les pays du Sud, les voyageurs et les rassemblements religieux, et
les thérapeutiques anti-infectieuses.
2. Une production scientifique importante illustrée par les rapports de l'ANR avec un ralentissement
notable après la crise du COVID-19
34 Scientifiques de l'IHU membres des organes de pilotage des maladies infectieuses
22
La production annuelle moyenne d'articles entre 2018 et 2022 a été de plus de 600 articles par an, ce qui fait de
l'IHU MI l'un des meilleurs IHU en termes de quantité de publications, mais probablement pas le meilleur (un peu
plus de 3 000 publications par an pour l'ensemble des IHU de la première vague).
La trajectoire de production scientifique de l'IHU MI a été similaire à celle des autres IHU si l'on se réfère au rapport
de l'ANR35 , avec une augmentation de 5% des publications entre les périodes 2012-2016 et 2018-2022, dont une
augmentation de 17% des articles de catégorie A. Les articles de catégorie A représentent 19 % des publications
des IHU. En revanche, on constate une diminution de 10 % de la catégorie B sur la même période.
La production scientifique de l'IHU MI représente environ 8% de la production française dans ses domaines de
spécialité (Maladies Infectieuses, Microbiologie, Immunologie). Là encore, l'IHU MI se classe parmi les meilleurs
IHU, probablement en deuxième position selon le rapport de l'ANR.
Chaque année, l'IHU MI bénéficie également du suivi SAMPRA, outil mis en place par le CHU de Lille, illustrant le
poids de l'IHU MI en termes de publications scientifiques dans ses domaines d'expertise36 .
Toutefois, les aspects purement numériques de la production scientifique de l'IHU révèlent quelques signaux
faibles :
Une proportion légèrement plus élevée de publications de faible niveau (D, E ou NC) par rapport à la
moyenne des IHU (28 % contre environ 20 %).
Une baisse en dessous de 600 articles publiés en 2022. Cette tendance s'est confirmée en 2023 avec des
difficultés désormais rencontrées avec certains éditeurs suite aux controverses autour de l'IHU
Méditerranée Infection.
Une baisse de la contribution des publications de l'IHU MI à ses principaux domaines d'intérêt en France
en 2022 (5,7 % contre plus de 8 % auparavant).
La rétractation d'une douzaine de publications par des éditeurs depuis 2023.
Ces chiffres nous invitent donc à célébrer plusieurs publications notables de l'IHU MI au cours des dix dernières
années37 alors que la nouvelle direction de l'IHU a pris conscience des signaux faibles et des diverses inspections
de ces dernières années, recentrant les efforts de publication sur les revues de catégorie A et B et se prémunissant
contre toute nouvelle déviation éthique.
3. Déviations en matière d'éthique et d'intégrité scientifique dans plusieurs publications et travaux
de recherche de l'IHU conduisant à des procédures strictes de contrôle de l'intégrité scientifique
En novembre 2021, l'IHU a fait l'objet d'enquêtes de l'
Agence nationale de sécurité du médicament38 , de
l'
Inspection générale des affaires sociales et de l'
Inspection générale de l'enseignement supérieur et de la
recherche39 . Ces inspections ont révélé des anomalies dans la promotion et la classification des projets de
recherche sur des sujets humains (RIPH) et un manque de formation des investigateurs pour les recherches RIPH.
Au moment de l'inspection, l'IHU disposait d'un comité d'éthique, mais pas l'AP-HM. Si l'inspection de l'ANSM a mis
en évidence des dérives dans la composition et le fonctionnement de ce comité d'éthique, la pertinence de ses
recommandations n'a pas été remise en cause. En revanche, les recommandations du comité d'éthique de l'IHU
n'ont pas toujours été suivies par les enquêteurs. Les anomalies constatées ont conduit l'ANSM à prononcer une
injonction de suspension de toutes les recherches du RIPH pendant un an.
Toutes les recommandations des inspections de l'ANSM et de l'IGAS/IGESR ont été prises en compte et
appliquées, notamment celles relatives à la déontologie de la recherche clinique et à la réorganisation des
comités d'éthique40 . Un suivi de ces recommandations a été réalisé par les ministères de l'Enseignement supérieur
et de la Recherche et de la Santé, en présence des inspections et de l'ANSM. L'accord-cadre AP-HM IGF sur la
35 Rapport ANR IHU 2011-2022
36 Rapport SAMPRA avril 2023
37 Publications à haute visibilité de l'IHU MI
38 Rapport final ANSM avril 2022
39 Rapport final IGAS-IGESR Août 2022
40 Suivi des recommandations de l'IGAS-IGESR Mise à jour décembre 2023
23
recherche clinique définit les deux parcours de recherche clinique : une demande de promotion par l'AP-HM et
une demande de CPP pour les essais relevant de la loi Jardé ou une soumission au Portail d'accès aux données
de santé de l'AP-HM et une validation par le Comité scientifique et éthique pour les essais hors loi Jardé.
Concernant les aspects éthiques, une formation sur les bonnes pratiques de recherche clinique a été organisée
par l'AP-HM. Dispensée par GIRCI SOHO41 , cette formation a été suivie par tous les investigateurs principaux de
l'IHU. Un document d'aide à la formation sur les bonnes pratiques de la recherche clinique a été rédigé, et une
formation interne obligatoire à l'éthique pour les étudiants sera bientôt mise en place sur la base de ce
document. L'ensemble de ces mesures a permis à l'ANSM de lever l'injonction de suspension de la recherche
clinique le 26 octobre 2023. Cette autorisation s'est accompagnée d'un suivi trimestriel de tous les projets de
recherche clinique menés à l'IHU et des prescriptions de médicaments hors AMM pendant un an42 . La première
transmission des données contrôlées à l'ANSM a eu lieu le 26 février 2024.
Par ailleurs, une cellule d'appui à la recherche de l'IHU a été créée comme convenu dans l'accord-cadre AP-
HM FMI sur la recherche clinique. Ce comité se réunit chaque semaine et évalue tous les projets de recherche
menés par les UMR ou le département avant leur démarrage. Les considérations éthiques de chaque projet sont
évaluées et les éléments de preuve sont rassemblés.
Aix-Marseille Université soutient également l'IHU MI dans le renforcement de la politique d'intégrité scientifique de
l'institut43 , qui a été fortement remise en cause, notamment pour l'absence d'autorisation éthique de certaines
publications. Un nouveau référent éthique de l'AMU, le professeur Boubli, a été nommé et a déjà rencontré à
plusieurs reprises les équipes de l'IHU. Les équipes de l'AMU et de l'IHU sont en contact avec tous les éditeurs qui
ont demandé à l'université et/ou à l'IHU de s'assurer de la conformité éthique de certains articles44 .
Par ailleurs, en 2023, deux nouveaux comités composés de personnalités entièrement extérieures à l'institut ont
été créés à l'IHU45 , dont un comité d'éthique et un comité d'évaluation et de prévention des conflits d'intérêts
(CEPCI). Le comité d'éthique n'a pas vocation à se substituer aux comités d'éthique d'Aix-Marseille Université ou
de l'AP-HM mais à compléter leur spectre d'analyse. Le comité d'évaluation et de prévention des conflits
d'intérêts sera consulté pour toutes les situations où des conflits d'intérêts pourraient survenir, notamment en
matière de marchés publics et d'appels d'offres.
L'intégrité scientifique implique également une culture de libre accès aux données de recherche, permettant à
d'autres équipes de reproduire potentiellement les résultats. L'IHU met de nombreuses bases de données à la
disposition de la communauté scientifique, telles que les souches accessibles du CSUR, les spectres MALDI-TOF
des espèces bactériennes découvertes à l'IHU et les séquences génomiques réalisées à l'IHU, en particulier
pendant la période COVID-19 grâce à la base de données GISED, afin de surveiller l'émergence et la
propagation de nouveaux variants. La politique de l'IHU consiste également à publier dans des revues à accès
libre sur le site dans la mesure du possible. La mise en place d'un concentrateur de données pour connecter
toutes les stations d'automatisation de l'IHU est également une étape importante dans la mise en œuvre d'une
politique de science ouverte à l'IHU.
Toutes ces mesures visent à regagner la confiance de la communauté scientifique dans l'IHU MI et donc à
retrouver un rythme de publication optimal.
Référence 7. Dans le cadre du continuum recherche-innovation-soins, l'IHU élabore une
politique d'innovation et mesure son impact économique.
La valorisation est une composante essentielle de la stratégie d'innovation de l'IHU. En effet, le développement
de nouvelles solutions diagnostiques ou thérapeutiques est un processus extrêmement long et coûteux qui
nécessite des moyens industriels complémentaires à ceux déployés par l'Institut.
41 Livret de formation GIRCI SOHO Bonnes Pratiques en Recherche Clinique
42 Injonction ANSM octobre 2023
43 Réponse d'Aix-Marseille Université au HCERES concernant l'intégrité scientifique à l'IHU MI
44 Réponse d'Aix Marseille Université au groupe PLOS et au groupe Springer Nature
45 Composition du comité d'éthique et du comité d'évaluation et de prévention des conflits d'intérêts
24
L'IHU transforme les technologies et les innovations de ses équipes de recherche en avancées diagnostiques,
vaccinales, thérapeutiques ou technologiques pour les patients :
en développant des partenariats industriels ;
en protégeant ces innovations (divulgations d'inventions, dépôts de brevets, etc.) ;
en transférant ces inventions à des partenaires industriels français ou étrangers ;
en créant des start-ups.
1. Une véritable dynamique de valorisation et d'innovation s'est instaurée à l'IHU MI depuis sa création
L'IHU MI a connu un premier cycle de dépôts de propriété intellectuelle et de transfert de technologie, avec un
premier bilan réalisé après plus de 10 ans d'existence de l'IHU. Ce premier cycle s'est traduit par le dépôt de 58
familles de brevets depuis 2011 et la création de 9 start-ups, dont la plupart ont été hébergées au sein de l'IHU,
créant 30 emplois directs et publiant 86 articles scientifiques en partenariat avec ces start-ups. Ce premier bilan
est positif, notamment par rapport à d'autres IHU.
Chiffres clés :
13 produits développés
14 prix et distinctions
9 start-ups créées, dont 6 sont toujours actives
30 emplois créés, dont 19,5 sont encore actifs
6,5 millions d'euros de chiffre d'affaires cumulé
Plus de 7 millions d'euros de subventions, d'investissements et d'aides collectés
Au-delà du transfert de technologie et de la création de start-up, l'innovation médicale fait partie de l'ADN de
l'IHU depuis sa création. Ces innovations concernent à la fois le diagnostic des maladies infectieuses, avec la
mise au point de nombreux tests diagnostiques, souvent dans des délais très courts pour s'adapter à l'émergence
de phénomènes infectieux épidémiques soudains, et la prise en charge des patients, avec le développement
de nouveaux protocoles thérapeutiques ou de prévention de la contagion. Parmi les innovations diagnostiques
les plus notables, on peut citer l'adaptation de la spectrométrie de masse pour l'identification en routine des
souches bactériennes et fongiques au laboratoire de microbiologie, l'utilisation en routine du séquençage
génomique pour l'identification des souches les plus inhabituelles, l'application du séquençage métagénomique
pour le diagnostic d'infections complexes dans le cadre de soins en temps réel, et le développement de tests de
détection moléculaire personnalisés dans des délais courts (l'unité de recherche UVE a accrédité sa plateforme
de préparation de mélanges réactionnels PCR et peut distribuer ses réactifs à l'échelle nationale et
internationale). Les innovations en matière de soins concernent également le développement de la
transplantation de microbiote fécal pour le traitement de la colite à Clostridioide difficile ou la décontamination
du portage digestif bactérien hautement résistant, la généralisation des distributeurs muraux de solutions
hydroalcooliques à l'AP-HM, le développement de mobilier dédié à la prévention des infections associées aux
soins, la surveillance automatisée des déplacements des soignants dans les chambres des patients, y compris la
mesure automatisée de l'utilisation des solutions hydroalcooliques (start-up MediHandTrace et équipe de
recherche dédiée au sein de l'Unité MEPHI).
2. Une stratégie de valorisation s'appuyant de plus en plus sur la SATT Sud-Est et l'ensemble de
l'écosystème d'innovation
Malgré ce bilan de valorisation très honorable, les ressources propres de l'IHU sont limitées pour aborder tous les
sujets de valorisation, malgré une équipe locale de qualité46 .
Au cours des années passées, l'IGF ne s'est pas suffisamment appuyé sur les équipes de la SATT Sud-Est pour
rationaliser la politique de dépôt et de maintien des brevets. L'enjeu est double : 1) éviter de déposer/maintenir
des brevets sur des découvertes sans débouchés économiques ; 2) s'assurer du dépôt de brevets sur des sujets
non identifiés en interne mais pour lesquels le dépôt de brevet aurait un sens.
La nouvelle direction de l'IHU a repris les discussions avec la SATT Sud-Est, à la fois pour un accompagnement sur
plusieurs projets concrets (valorisation de catalogues de souches, création de start-up, dépôt de DI, etc.) et pour
46 Organigramme Méditerranée Infection Innovation (MI²)
25
l'objectif partagé d'établir une convention cadre SATT Sud-Est/FMI pour privilégier la gestion du transfert de
technologie des laboratoires de l'IHU par la SATT Sud-Est en collaboration avec l'IGF dans son rôle de
catalyseur/amplificateur, permettant une co-maturation entre la SATT et l'IGF. Cette convention devrait
également intégrer une animation terrain plus importante au sein des laboratoires en lien avec le dispositif du
Pôle Universitaire d'Innovation (PUI) dont AMU est bénéficiaire et l'IHU MI membre partenaire. L'objectif est de
créer une véritable dynamique commune entre la SATT Sud-Est et l'IGF pour valoriser au mieux les innovations de
l'IHU.
Outre les discussions structurelles avec la SATT Sud-Est, l'IHU MI a renforcé les échanges avec des acteurs
régionaux et nationaux (BPI, pôle de compétitivité Eurobiomed, FrenchTech Aix-Marseille, Impulse, Zebox, Kedge
Business School, etc.), avec des start-ups régionales innovantes, et avec des grands groupes industriels ou des
fonds d'investissement, le tout visant à renforcer les liens entre l'institut et l'ensemble des acteurs territoriaux
travaillant au sens large sur l'innovation en santé et plus spécifiquement dans le domaine du diagnostic et de la
prise en charge des maladies infectieuses.
L'ouverture d'un espace de 400m² dédié à l'hébergement des start-ups de l'IHU MI sert également de vitrine à
l'innovation des laboratoires de l'IHU MI. L'hébergement de start-up au sein de l'IHU est un modèle gagnant-
gagnant pour les deux entités ;
la start-up bénéficie d'un accès privilégié à des plateformes techniques de haut niveau, au conseil
scientifique et à du personnel hautement qualifié formé à l'IHU MI, comme de jeunes médecins ;
l'IHU valorise une partie de ses familles de brevets par des contrats de licence de propriété intellectuelle
et prend des participations dans la start-up lors de sa création.
3. L'IHU s'organise pour relancer une dynamique autour de l'innovation
L'IHU MI est également confronté à un défi de taille, celui d'entrer dans une nouvelle ère de la politique de
valorisation de la Fondation. Lors de la création de l'IHU et au cours des premières années qui ont suivi son
déménagement, la valorisation a connu une forte dynamique. Avec la crise COVID-19 et le remplacement de
l'ancienne équipe dirigeante, le nombre de brevets déposés a connu un net ralentissement (1 à 2 par an depuis
2020). Il est important de reformer et d'accompagner une nouvelle génération de scientifiques de l'IHU MI dans
cette dynamique.
La création d'une première start-up prévue en juin 2024 autour de la mise en place de tests innovants pour les
dysbioses, la première depuis 2020, est un signe très positif. Le lancement d'une autre start-up est prévu en 2024.
Plusieurs autres initiatives sont en cours en 2024, notamment la mise en place d'un comité de valorisation externe
avec des personnalités du monde de l'innovation pouvant apporter un regard critique et constructif sur la
stratégie de valorisation de l'IHU MI. Les membres de ce comité ont déjà été identifiés, et ce comité devrait
commencer ses travaux au cours de l'année universitaire 2024. Un autre élément important, permettant une
détection précoce des inventions dans le cadre du Pôle Universitaire d'Innovation, est la nomination de référents
innovation au sein même des laboratoires. Enfin, l'IHU MI prévoit de lancer le programme Méditerranée Infection
Innovation (MI²) pour encadrer pendant un an/18 mois de jeunes ingénieurs, docteurs ou post-doctorants dans
un projet de création de start-up. Les lauréats (1 ou 2 par an) seront sélectionnés par le comité de valorisation
de l'IHU et soutenus à la fois par les équipes administratives de l'IHU et les scientifiques et ingénieurs chargés de
la valorisation.
4. La valorisation au-delà du transfert de technologie
Le dépôt de brevet n'est pas le seul moyen de valorisation au sein de l'IHU MI. L'IHU MI dispose d'un patrimoine
important en termes de collection de souches microbiennes d'intérêt. Le CSUR a été créé en 2004. Cette
collection vise à conserver les souches bactériennes isolées lors des activités de diagnostic et de recherche de
l'IHU. Dans un premier temps, elle a surtout conservé des souches bactériennes provenant du Centre national de
référence pour les rickettsies : Coxiella, Rickettsia et Bartonella. Par la suite, son champ de conservation a été
élargi pour inclure des souches du projet de culturomique et des souches de microbiologie clinique dans le cadre
d'un projet de dépôt du bactériome humain.
Actuellement, le CSUR compte 17 171 souches bactériennes représentant 2 343 espèces bactériennes (1 081
nouvelles espèces et 1 262 espèces connues) réparties en deux parties : une partie CNR (Coxiella, Rickettsia,
Bartonella) représentant 1 500 souches et une partie bactériome humain représentant 15 671 souches. La
26
collection de virus EVA-Marseille développée par l'UVE, avec plus de 600 souches virales, est la deuxième
collection de l'IHU la plus valorisée.
Cette collection de souches a généré des revenus pour l'IHU au cours des sept dernières années. Cependant,
un soutien est nécessaire pour aider à développer le potentiel économique de cette collection. C'est pourquoi
l'institut s'est associé à Rising Sud, l'agence régionale d'attractivité et de développement économique, pour
bénéficier d'un soutien dans le cadre d'une Opération d'Intérêt Régional.
Outre la valorisation de son patrimoine, l'IHU doit valoriser ses plateformes technologiques pour des prestations
industrielles ou des contrats de collaboration. Depuis 2011, l'IHU MI a obtenu 5 millions d'euros de la part
d'entreprises privées, sous forme de prestations de services, de collaborations ou de dotations. La collaboration
la plus notable est celle avec
pour le développement d'applications de microscopie électronique pour
le diagnostic microbiologique rapide (2,2 M€ depuis 2018). Depuis 2022, de nombreuses collaborations ont été
initiées avec des leaders de l'industrie du diagnostic (
) et de
l'industrie vétérinaire
En 2022 et 2023, cet axe sera renforcé par le recrutement d'un responsable
des partenariats industriels, prévu pour juillet 2024.
5. Impact de l'IHU sur l'intégration du secteur biomédical dans le développement durable.
Au-delà de l'aspect bâtiment intelligent, incluant les enjeux de sobriété énergétique développés dans la
référence 1, l'IHU est conscient de son rôle dans la réduction de l'empreinte carbone du secteur biomédical et
des établissements de santé.
Les équipes de l'IHU sont fortement mobilisées pour mettre en œuvre des actions de sobriété énergétique,
notamment à travers le groupe " AP-HM verte ", qui regroupe les personnels de l'AMU et de l'IGF pour le site de
l'IHU. Un exemple concret est la réduction de 1,5 tonne de déchets infectieux sur le site de l'IHU en 2023 par
rapport à l'année précédente. Les cartouches d'imprimantes, les piles, le papier et le carton sont recyclés.
En outre, la durabilité est devenue un critère systématique dans tous les appels d'offres pour l'achat
d'équipements. L'efficacité énergétique des équipements achetés est également évaluée. Une filière de
récupération des équipements usagés a été mise en place, ainsi qu'un contrat de recyclage D3E.
Les start-ups de l'IHU, comme Pocramé, se chargent de la production et de l'assemblage locaux de leurs produits.
Référence 8. Les activités de l'IHU conduisent à une amélioration sensible des actions de
formation et à une évolution substantielle des pratiques de soins et de prévention dans son
domaine de spécialisation.
1. La formation initiale et continue au cœur du projet IHU
L'enseignement est l'un des principaux objectifs de l'IHU. Les activités de formation s'adressent aux étudiants de
master et de doctorat, ainsi qu'aux étudiants en formation initiale (L2 et L3) et en cours de spécialisation (DES
Biologie médicale et Maladies infectieuses) au sein des cursus médicaux (médecine, pharmacie, odontologie)
et paramédicaux (infirmiers, orthophonistes, orthoptistes, techniciens). Les enseignants de l'IHU sont également
impliqués dans la formation continue, notamment en ce qui concerne la vaccination DPC. L'IHU est
particulièrement investi dans l'enseignement basé sur la recherche (master et doctorat).
Cette implication se reflète dans les responsabilités d'enseignement des chercheurs de l'IHU qui sont responsables
de plusieurs modules et diplômes universitaires dans les facultés de médecine et de pharmacie47 .
L'encadrement des étudiants pendant leur master 2 et leur doctorat est un point clé de l'IHU. L'origine des
étudiants est très diverse, avec des étudiants venant des pays du Sud, des étudiants suivant un programme de
diplôme conjoint (doctorants se qualifiant conjointement en médecine, en soins infirmiers, en pharmacie et en
dentisterie), ce qui est relativement inhabituel mais très important. En outre, nombre d'entre eux sont retournés
travailler dans leur pays d'origine, où ils peuvent avoir un impact positif significatif sur leur communauté.
47 Modules d'enseignement et diplômes universitaires gérés par des scientifiques de l'IHU
27
Au sein de l'IHU, le professeur Million est responsable des étudiants et de l'enseignement. A ce titre, il est
responsable, avec Florence Fenollar, du livret de formation48 accessible aux étudiants de master 2 et de doctorat.
Vingt-et-une formations sont proposées, dont certaines sont obligatoires pour tous les étudiants. Elles couvrent un
large éventail de compétences, tant scientifiques qu'en matière d'hygiène et de sécurité : HSSQ (Hygiène,
Sécurité, Sûreté, Qualité). Les autres formations couvrent un large éventail de compétences, tant scientifiques
qu'en matière d'hygiène et de sécurité.
Par ailleurs, l'équipe pédagogique de la Faculté de Pharmacie (P Colson - JM Rolain) a mis en place depuis
l'année universitaire 2017/2018 un cours spécifique dédié à la formation théorique et pratique à la vaccination
des étudiants et des internes, initialement contre la grippe puis étendu au COVID depuis l'année universitaire
2020/2021. Depuis 2021, cette formation est intégrée au tronc commun des études de pharmacie pour tous les
étudiants de la Faculté de Pharmacie. Au total, plus de 1200 étudiants, internes et enseignants ont été formés et
une attestation de formation est fournie par l'administration de la Faculté. Enfin, cette formation a également
été réalisée dans le cadre du DPC pour les pharmaciens de la région sud, avec plus de 160 pharmaciens formés.
Enfin, l'IHU organise des séminaires thématiques afin d'informer en permanence le personnel soignant des
avancées scientifiques issues de ses recherches. Ces séminaires comprennent des réunions hebdomadaires, un
séminaire hebdomadaire le mardi où les internes présentent des sujets de microbiologie et d'infectiologie à partir
de descriptions de cas cliniques, un séminaire scientifique le vendredi où des chercheurs internationaux sont
invités à présenter leurs spécialités, et où les doctorants de troisième année et les post-doctorants détaillent
l'avancement de leurs travaux. En outre, un séminaire du mardi est consacré aux présentations des étudiants de
master 2 et de doctorat (première et deuxième année). Des réunions scientifiques thématiques trimestrielles, les
"Jeudis de l'IHU", sont organisées en soirée pour permettre au personnel et au public d'assister à des présentations
sur les dernières découvertes en matière de soins sur des sujets d'actualité (prise en charge du virus Monkeypox,
infections ostéo-articulaires, endocardites, infections à papillomavirus, etc.) Par ailleurs, depuis deux ans, un
séminaire d'une durée maximale de 30 minutes, s'adressant spécifiquement aux techniciens, infirmiers et
ingénieurs, a été mis en place.
2. Un institut axé sur les soins qui a historiquement contribué à l'établissement de protocoles de soins de
référence et de parcours des patients dans le domaine des maladies infectieuses
L'IHU contribue à l'amélioration des soins aux patients à différents niveaux :
1.
Par son expertise multiple via ses centres de référence nationaux ou régionaux49 . Les centres de
référence de l'IHU interagissent en permanence avec Santé publique France et les Agences régionales
de santé, contribuant ainsi aux recommandations nationales.
2.
Depuis 2013, l'IHU a mis en place la transplantation de microbiote fécal pour les infections à Clostridioides
difficile dans le cadre d'une épidémie liée à un génotype particulièrement virulent (ribotype 027). A ce
jour, plus de 250 transplantations de microbiote fécal ont été réalisées, dont certaines pour des cas très
sévères, réduisant significativement la mortalité des patients50 .
3.
L'IHU a innové dans plusieurs domaines pendant la pandémie de COVID-19 :
a.
Description de "l'hypoxie heureuse" : Comme d'autres équipes, nous avons décrit la nécessité
de surveiller la saturation des patients en raison d'une hypoxie asymptomatique lors de la
première vague COVID et conseillé l'utilisation d'oxymètres de pouls. 51
b.
Systématisation des tests diagnostiques COVID-19 et séquençage de plus de 70 000 génomes,
en participant notamment au consortium national de surveillance génomique de l'évolution du
SRAS-CoV-2, EMERGEN.
48 Brochure de formation IHU-MI 2024
49 Liste du CNR et contribution
50 Publications de l'IHU MI sur l'amélioration des soins aux patients (réf A, B, C)
51 Publications de l'IHU MI sur l'amélioration des soins aux patients (réf D)
28
c.
Utilisation de l'oxygénation à haut débit (Optiflow) pour les personnes non éligibles aux soins
intensifs en raison de leur âge ou de leurs comorbidités : plus de 350 personnes ont été traitées
avec ce dispositif, avec un taux de survie de 30 %.52
4.
L'approche syndromique de l'IHU pour diagnostiquer les maladies infectieuses a souvent abouti à des
diagnostics cruciaux ayant un impact significatif sur les soins aux patients et la gestion de la contagion,
qui n'étaient pas soupçonnés lorsque les échantillons ont été envoyés à des fins de diagnostic. L'un des
derniers exemples en date est le diagnostic accidentel d'une infection par le virus Monkeypox chez des
patients soumis à un dépistage des IST (53 ) et, inversement, le diagnostic de deux patients séropositifs lors
de la prise en charge du Monkeypox.
5.
L'IHU dispose d'une expertise internationale en matière d'endocardite : L'équipe du Professeur Gilbert
Habib, cardiologue, a dirigé la coordination des lignes directrices européennes sur la prise en charge de
l'endocardite54 .
6.
L'IHU collabore avec des associations de patients. Tous les projets de l'équipe SanteRCom sont construits
en lien avec les acteurs de la société civile. De multiples partenariats et/ou accords sont actifs,
notamment avec Coalition Plus, une organisation regroupant 15 associations de lutte contre le VIH, avec
des associations locales, nationales et internationales. Les recherches menées par l'équipe ont abouti à
un changement de loi en 2016 lorsque le projet ANRS-AERLI a permis d'inclure l'éducation à l'injection de
drogues dans les structures de réduction des risques. L'équipe a participé à l'élaboration de
recommandations pour la HAS et contribue aux rapports TREND publiés par l'OFDT. Diverses activités
d'expertise sont menées auprès des acteurs de terrain, y compris sur les politiques sur des thèmes comme
le VIH et la réduction des risques. La diffusion des résultats de la recherche vers le monde non
académique passe également par la création de différents supports (brochures d'information, articles
de vulgarisation) co-construits avec les populations exposées.
7.
Enfin, les actions de vaccination menées au sein et par l'IHU contribuent également à la prévention des
risques infectieux. Le centre de vaccination a joué un rôle clé lors de la pandémie de COVID-19 et de
l'épidémie de Monkeypox, avec 20 000 vaccinations pour le COVID-19 dès janvier 2021 et 8 000
vaccinations contre le Monkeypox durant l'été 2022. Outre le centre de vaccination internationale,
couplé au centre de médecine des voyages (5000 consultations par an), les équipes de l'IHU participent
à la vaccination contre le papillomavirus dans les collèges. L'IHU a également largement contribué à la
formation des pharmacies de la région PACA sur le COVID et la vaccination antigrippale. En matière de
prévention du VRS, l'IHU a participé au séquençage pour la surveillance épidémiologique.
8.
L'AP-HM et son pôle Infectiologie sont devenus un établissement de santé de référence nationale (avec
Paris, Rennes, Nancy, Lyon et Bordeaux) pour l'accueil, le diagnostic et la prise en charge des patients
hautement contagieux, qu'il s'agisse de cas suspects ou de cas confirmés. Par ailleurs, nos équipes
apportent leur expertise et leur soutien aux établissements de santé régionaux de référence en matière
de risque épidémique et biologique.
3. Exemples de prévention des risques de contagion tirés des travaux de l'IHU
Les unités de recherche de l'IHU contribuent régulièrement à la conception de nouvelles pratiques de prévention,
et les start-ups issues de l'institut sont également leaders dans ce domaine. Parmi les outils développés à l'IHU, on
peut citer :
Le dispositif Steribox, dispositif de prévention des infections transmises par les injections, développé par
l'équipe de SanteRCom en partenariat avec Apothicom, spécialiste industriel des outils de réduction des
risques pour les usagers de drogues.
La MEPHIBOX, développée par la start-up POCRAME, est une petite armoire de rangement permettant
d'accéder à tous les équipements de protection individuelle (EPI) contre les infections associées aux soins
dans un espace compact. Placée à l'extérieur de la chambre du patient, elle permet au personnel
soignant de s'équiper facilement et rapidement en EPI.
Les cagoules
MEPHILAB et ADENA, également développées par POCRAME, sont des cagoules de
diagnostic mobiles offrant une protection optimale à l'utilisateur. MEPHILAB est particulièrement adaptée
aux diagnostics "point-of-care", tandis qu'ADENA est une hotte de niveau de biosécurité 3 permettant la
détection des pathogènes les plus contagieux sans nécessiter de laboratoire NSB3.
La start-up Medihandtrace a contribué de manière significative à la mise en place de nouvelles
organisations de soins pour prévenir les infections transmises par les mains. Elle a piloté le déploiement à
52 Publications de l'IHU MI sur l'amélioration des soins aux patients (réf E)
53 Publications de l'IHU MI sur l'amélioration des soins aux patients (réf F)
54 Publications de l'IHU MI sur l'amélioration des soins aux patients (réf G)
29
grande échelle des aérosols de solutions hydroalcooliques dans les hôpitaux et le suivi automatisé de la
consommation de solutions hydroalcooliques.
30
SWOT DOMAINE 2
Points forts :
Pionnier et leader dans certains domaines.
La multidisciplinarité pour une approche globale des maladies infectieuses.
Attractivité de l'institut (leadership scientifique, cohortes, échantillons biologiques, plateformes
technologiques).
L'impact transformateur de l'IHU sur la formation initiale.
Production scientifique importante.
Réseau de collaboration internationale et équipes de recherche basées à l'étranger.
Faiblesses :
La production scientifique doit être hiérarchisée et recentrée sur les revues A et B.
Déficit d'image auprès de la communauté scientifique et des revues scientifiques depuis la crise du
COVID-19.
Approche scientifique pluridisciplinaire mais parfois autocentrée ; l'IHU ne cherche pas assez à
s'appuyer sur des compétences externes qui lui font défaut.
Opportunités :
Potentiel de valorisation encore très important (ex : collection de souches de l'IHU).
Réorganisation des procédures autour de la recherche clinique et de l'intégrité scientifique. Soutien
d'AMU et de l'AP-HM dans ce processus.
Stratégie significative d'ouverture de l'institut à des collaborations avec des partenaires universitaires et
industriels.
Menaces :
Pyramide des âges et renouvellement des équipes.
Carrières hospitalo-universitaires peu attrayantes.
Le financement global de la recherche, en particulier pour les IHU, risque d'être réduit dans un
contexte d'austérité budgétaire de l'État.
CONCLUSION
Seul IHU entièrement dédié aux maladies infectieuses, l'IHU Méditerranée Infection s'appuie depuis sa création
sur un projet intégré regroupant les services d'hospitalisation en maladies infectieuses et le laboratoire de
microbiologie des hôpitaux de l'AP-HM, quatre unités mixtes de recherche en maladies infectieuses d'Aix-
Marseille Université, avec une forte implication du service de santé des armées, et quatre centres nationaux de
référence. Le projet initial associait des axes de recherche innovants, des plateformes technologiques très
équipées et modernes, une forte implication dans la formation à la recherche, et de nombreuses collaborations
avec des équipes des pays du Sud. Après une période compliquée entre 2020 et 2022, une nouvelle dynamique
a été donnée à l'institut, avec un renouvellement de la gouvernance, du conseil scientifique et du conseil
d'administration, et le soutien actif des membres fondateurs. L'organisation des activités de recherche prioritaires
en six axes, l'ouverture des plateformes technologiques aux collaborations académiques et industrielles, la
multiplication de nouveaux partenariats avec des industriels, des instituts de recherche et des universités, les
contacts renouvelés avec l'Inserm, et l'ajout de nouvelles équipes de recherche constituent des atouts pour
donner un nouvel élan à l'IHU Méditerranée Infection.
31
